【2019-01-10】每日一生信

今天想记录一个bug，先前的项目从来没出问题的，这次突然好几个项目都卡在了这一步。

这是GATK中的一步，报错信息如下：

运行的命令是：

java -Xmx5G -jar ~/exome_software/GenomeAnalysisTK.jar -T PrintReads -R ~/Database/ucsc.hg19.fasta -I ./5.varcalling/aaa.sort.rmdup.bam -BQSR ./5.varcalling/aaa.recal.grp -o ./5.varcalling/aaa.sort.rmdup.recal.bam -log ./5.varcalling/aaa.printReads.log 

解决的办法是：添加了一个参数--filter_bases_not_stored
命令改为

java -Xmx5G -jar ~/exome_software/GenomeAnalysisTK.jar -T PrintReads -R ~/Database/ucsc.hg19.fasta -I ./5.varcalling/aaa.sort.rmdup.bam -BQSR ./5.varcalling/aaa.recal.grp -o ./5.varcalling/aaa.sort.rmdup.recal.bam -log ./5.varcalling/aaa.printReads.log --filter_bases_not_stored

就可以了。

原因我也不太清楚，先前一直没有问题，而且有的能跑出结果，有的就报错。可能最近在调试GATK4 ，导致软件的各种版本，很乱