小白贴士：

• R的赋值符号不是等号，而是<-
• 在Console 控制台输入命令，相当于Linux的命令行
• R的代码都是带括号的，括号必须是英文的
• 显示工作路径 getwd()
• 函数或者命令不会用时，除了百度/谷歌搜索以外，用这个命令查看帮助：?read.table，调出对应的帮助文档，翻到example部分研究一下。
• 表格在R语言中改名叫数据框

数据类型里，生信学习者最需要熟悉的是向量和数据框。

向量

1. 标量和向量的区分

• 向量是由元素组成的，元素可以是数字或者字符串（用chr表示）

• 标量：一个元素组成的变量
  向量：多个元素组成的变量

  
  生信星球

2. 使用

• 字符串在使用时需加引号
• 使用时，一般都会直接给变量定义，也就是“赋值”，字面意思是赋予这个变量一个数值（其实也不一定是数值，还可以是字符串/数据框等等）。

> x<- c(1,2,3) #常用的向量写法，意为将x定义为由元素1，2，3组成的向量。
x
x<- 1:10 #从1-10之间所有的整数
x
x<- seq(1,10,by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数（注意是逗号不是分号）
x
x<- rep(1:3,times=2) #1-3 重复2次
x
#多次给x赋值，以最新的为准

例如：创建一个数据框

age <- c(25,34,28,52) #给变量age赋值
diabetes <- c("Type1", "Type2", "Type1", "Type1") 
status <- c("Poor","Improved","Excellent","Poor") 
patientID <- c(1,2,3,4) 
patientdata <- data.frame(patientID, age, diabetes, status) #patientdata为该数据框名称，向量按顺序排列

注：

• 单击右上角的Data，可查看表格。或者在控制台输入view(数据框名称)
• 每一列必须有列名，每一行也可指定行名，如果不指定行名，就是从1开始自增的顺序数标识。
• colnames(X) #查看列名
• rownames(X) #查看行名，默认值的行名就是行号，1.2.3.4...
• 后期更改列名：names(patientdata) <- c("wei","hei","gen")
• 更改行名：row.names(patientdata) <- c("Mary","Alice","Bob","Judy")，按顺序排列

3.从向量中提取元素

（1）根据元素位置

x[4] #x第4个元素
x[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素
x[2:4]#第2到4个元素
x[-(2:4)]#除了第2-4个元素
x[c(1,5)] #第1个和第5个元素

（2）根据值

数据框

1. R读取txt文件

（1）新建一个数据，示例：doudou.txt，需要把源数据文件复制一份放在工作目录下，方便引用。

（2）使用R读取txt文件直接使用read.table()方法进行读取即可，不需要加载额外的包。
例如：read.table(file = "doudou.txt",sep= "\t",header = T)

注释：

制表符：功能是在不使用表格的情况下在（垂直）方向按列对齐文本。

（3） 输入X<-read.csv('doudou.txt')，创建了一个名为X的数据框，引用的是doudou.txt的源数据

（4）数据框的导出
write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)