Cytoscape安装及使用

Cytoscape

最近小编在使用Cytoscape软件，觉得真不错，哈哈，以下是关于此软件简单的安装和使用方法，觉得有用的小伙伴可以看看。

一、Cytoscape简介

Cytoscape 是一个专注于开源网络可视化和分析的软件。它的核心是提供基础的功能布局和查询网络，并依据基本的数据的结合成可视化网络。Cytoscape 源自系统生物学，用于将生物分子交互网络与高通量基因表达数据和其他的分子状态信息整合在一起，其最强大的功能还是用于大规模蛋白质-蛋白质相互作用、蛋白质-DNA和遗传交互作用的分析。
通过Cytoscape，可以在可视化的环境下将这些生物网络跟基因表达、基因型等各种分子状态信息整合在一起，还能将这些网络跟功能注释数据库链接在一起。Cytoscape 的核心是网络，简单的网络图包括节点（node）和边（edge），每个节点可以是基因、miNRA或蛋白质等等；节点与节点之间的连接 (edge) 代表着这些节点之间的相互作用，包括蛋白与蛋白相互作用（pp），DNA与蛋白相互作用（pd）等。

二、Cytoscape安装

1、JAVA：Cytoscape的安装使⽤建⽴在JAVA的基础上，先安装JAVA
https://www.java.com/zh_CN/

2、下载Cytoscape
http://cytoscape.org/

安装包下载链接：
链接: https://pan.baidu.com/s/1B6RTHgCKIEJISMMYTylXMA?pwd=3c42
提取码: 3c42

3、默认安装即可

image.png

4、安装完打开软件如下图

image.png

三、Cytoscape使用

1、文件导入
导入Node文件:File ---> Import ---> Network from File...
导入数据库文件:File ---> Import ---> Network from Public Database...
导入Edge文件:File ---> Import ---> Table from File...

image.png
image.png

2、Node、Edge、Network调节

(1)Node调节
Border Paint:边框颜色
Border Width:边框宽度
Fill Color:填充色
Height:高度
Image/Chart1:节点上添加图片、表等数据
Label:标签
Label Color:标签颜色
Label Font Size:标签字体大小
Shape:节点类型
Transparency:节点透明度
Width:宽度

image.png

(2)Edge调节
Label:线内标签
Label Color:线内标签颜色
Label Font Size:线内标签字体大小
Line Type:边类型
Source Arrow Shape:线的source形状
Source Arrow Unselected Paint:
Stroke Color (Unselected):线的sourcet颜色
Target Arrow Shape:线的target形状
Target Arrow Unselected Paint:
Transparency:线的透明度
Width:线的宽度

(3)Network调节
Background Paint:背景颜色
Edge Selection:线
Node Selection:节点
Title:标题

3、图形展示形式
Layout ---> yfiles ...
如果显示 Install yfiles ...可以到Apps --->App Manager...选择安装即可

image.png

4、保存图片
保存图片：File ---> Export ---> Network to Image...
可以保存pdf、png等格式图片。

image.png

END