大概是因为KEGG数据库更新了,因此clusterProfiler也要使用最新版本的(4.6.2)
对于更新包呢,试了一些方法,未果,因此直接去Bioconductor - clusterProfiler下载打包好的
选择的是source包:
![](https://img.haomeiwen.com/i5257017/99cb9690cff85405.png)
使用
R CMD INSTALL clusterProfiler_4.6.2.tar.gz
进行安装
当然,会提示你依赖的一些包也需要更新,于是乎用同样的方法安装了 DOSE_3.24.2
、HDO.db_0.99.1
、GOSemSim_2.24.0
。
其中GOSemSim_2.24.0
用source包还报错了。。。于是乎选择了windows binary包直接解压到R library(.libPaths()
)里即可:
![](https://img.haomeiwen.com/i5257017/1d2b10a27c9487c5.png)
或许以上包都可以用这种binary包直接安装
安装好依赖包后,再安装clusterProfiler就能成功了,enrichKEGG也是成功运行了。。。
总之就是一个大无语
2023-04-21 更新
Error in download.KEGG.Path(species) :
Failed to download KEGG data. Wrong 'species' or the network is unreachable. The 'species' should be one of organisms listed in 'https://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html'
MD怎么又不能用了,垃圾
网友评论