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R -- 关于clusterProfiler KEGG富集分析不

R -- 关于clusterProfiler KEGG富集分析不

作者: 生信摆渡 | 来源:发表于2023-03-28 16:20 被阅读0次

大概是因为KEGG数据库更新了,因此clusterProfiler也要使用最新版本的(4.6.2)

对于更新包呢,试了一些方法,未果,因此直接去Bioconductor - clusterProfiler下载打包好的

选择的是source包:


使用 R CMD INSTALL clusterProfiler_4.6.2.tar.gz进行安装

当然,会提示你依赖的一些包也需要更新,于是乎用同样的方法安装了 DOSE_3.24.2HDO.db_0.99.1GOSemSim_2.24.0

其中GOSemSim_2.24.0用source包还报错了。。。于是乎选择了windows binary包直接解压到R library(.libPaths())里即可:

或许以上包都可以用这种binary包直接安装

安装好依赖包后,再安装clusterProfiler就能成功了,enrichKEGG也是成功运行了。。。

总之就是一个大无语


2023-04-21 更新

Error in download.KEGG.Path(species) :
Failed to download KEGG data. Wrong 'species' or the network is unreachable. The 'species' should be one of organisms listed in 'https://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html'

MD怎么又不能用了,垃圾

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