肿瘤研究相关数据库：

最经典的Cosmic数据库COSMIC

全称：Catalogue of somatic mutation in cancer

1. 解读用COSMIC
2. drive gene：
3. sigatures
   用于突变特征分析，针对点突变
   考虑到突变位点上下游1 bp 位置的碱基种类，可将点突变分为96种类型。根据96种突变类型的频率，通过非负矩阵分解的方法将点突变分解为多个不同的突变特征（A,B,C）,将所得的signature ABC与COSMIC种的signature做聚类分析。

CGATools

常用软件：
ABSOLUTE -- 用于CNV分析
MutSig -- 找出变异中的significant mutation gene

Oncomine

如果你获得了一个肿瘤差异表达基因，想研究其是否可作为某种肿瘤的潜在标志物和靶点，又怕做实验会得到阴性结果，浪费时间和金钱，这时候你就应该想到Oncomine数据库了。

参考网站：

• Oncomine: 一个肿瘤相关基因研究的数据库
• 肿瘤经典数据库Oncomine实训操作

Clinvar数据库

clinvar官网.png

NCBI的，整合了多个疾病相关数据库，包括OMIM, MedGen等。数据库以评星级的方式对变异进行评估，四星级是最高的星级，说明该突变的功能已经经过多位专家的审核。然而大多数变异都是1星的，如下图所示，这是一个变异位点的clinvar说明：

clinvar-eg.png

参考资料：
【数据库-4】clinvar
生信技能书：clinvar数据库再解读