全基因组关联分析（Genome-wide association study，GWAS）是应用基因组中数以百万级别...[作者空间]
将经过过滤后得到的高质量数据比对到参考基因组上，并进行排序和去重复等处理，用于后续的变异检测。 软件准备 bwas...[作者空间]
1. 如果在没有jdk12的conda下安装snpeff，会报错 解决方法（针对非root用户） 参考：https...[作者空间]
GATK4.0之后和之前的版本存在较大差异，因此需要使用特定版本来call变异时需要有较大的改动，call变异的过...[作者空间]
bwa+samtools+picardtools+GATK call SNP 流程[https://www.jia...[作者空间]
基础概念 Phasing，基因定相/基因分型/单倍体分型：将二倍体or多倍体基因组上的等位基因，按照其亲本正确定位...[作者空间]
1 介绍 基因组重测序是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序，并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。 ...[作者空间]
首先安装软件 先安装conda，使用清华的conda，说明书：https://mirrors.tuna.tsing...[作者空间]
IGV( Integrative Genomics Viewer)是一款针对高通量测序数据进行可视化的专业软件。 ...[作者空间]
前言 在前面的一系列WGS文章中，我讲述了很多基因数据分析的来龙去脉，虽然许多同学觉得很有帮助，但是却缺了一个重要...[作者空间]
1 原始材料准备 双端测序材料： R1.fq R2.fq参考基因组： MH63.fa基因组注释文件: gff gf...[作者空间]
好久没有记录，主要是事情太多了。最开始的时候，自己有点懒，想做伸手党，主要是想偷懒，就去网上查询gatk中文的使用...[作者空间]
Samtools和Bcftools简介 SAMtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集，包含有许多命令...[作者空间]
这篇文章很长，超过1万字，是本系列中最重要的一篇，因为我并非只是在简单地告诉大家几条硬邦邦的操作命令。对于新手而言...[作者空间]
call SNP GATK bwa+samtools 参考文档 一、原始数据处理 测序得到的RAW D...[作者空间]
