这是我替同事做的一个启动子顺式元件预测，简单介绍下流程。
目的：从同事的描述中，我大概确定客户想研究WRKY70转录因子对烟草抗逆性的调控，并且想对自己的启动子做一个顺式元件分析。
分析：我从没研究过植物，对烟草的转录调控和抗逆性研究实在不懂，好在我分子生物学基础还不错，对转录因子、顺式元件还比较熟。既然不懂就得先学习一下了，谷歌学术真是个神器，搜索WRKY70得到很多相关文献，阅读了几篇文献的摘要之后我得到几点信息：
①WRKY70是WRKY家族的一个代表，参与脱落酸、水杨酸的表达调控，主要调节植物防御中的信号转导；
②WRKY70是诱导型转录因子，通过对干旱环境的应激性反应调节植物的抗旱性能力；
③已经有人对NtWRKY70的启动子进行了分析，并公布了启动子序列（doi：10.1186 / s12864-015-1575-4）。有了参照，可以开始分析了。
过程：①比对目标基因，发现来源于Nicotiana tabacum TN90品系，是一个推断的WRKY70转录因子（GenBank:XM_016637407），mRNA全长975bp，CDS有675bp；
②真核生物一般是单顺反子，那WRKY70的启动子应该就在5‘-UTR的上游，找到mRNA所在的基因组（TN90_scaffold98022），把上游的3000bp复制下来（确保启动子在里面）；
③找到 Rabara等报道的启动子序列（GenBank:KM510344.1），通过同源比对发现两者同源性很低，表明Rabara等可能用的是自己构建的启动子。
④开始启动子分析：有很多启动子预测工具，我比较推荐PLACE，直接输入序列提交即可，他输出放入结果如下图：
⑤包括顺式元件的名称，位置，基序和注释，点击注释有详细的描述该元件功能及发现过程的文献，比如使用Rabara的启动子，可以得到ABRELATERD1元件，点击后可以看到这是一个与干旱和暗诱导相关的元件。
⑥根据预测结果在序列作图软件上对启动子进行标注，即完成了预测过程。PLACE预测的结果有很多重复，挑选几个与自己研究相关的即可。
WRKY70作为一个转录因子，它肯定是辅助RNA聚合酶调控下游基因的表达的，而且作为诱导型转录因子，一般有特定的识别序列。 Rushton等（doi：10.1016 / j.tplants.2010.02.006）报道了WRKY家族保守性的结合W框（5'-TTGACC / T-3'），可以为WRKY70调控下游基因预测提供参考。另外，TOBFAC是一个烟草转录因子专业数据库(10.1186 / 1471-2105-9-53)，可惜我打不开外网，只能介绍到这里了。
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