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启动子以及转录因子预测

启动子以及转录因子预测

作者: 麦子菇娘 | 来源:发表于2021-03-04 19:02 被阅读0次

在别个大神那里看到的方法,免得忘了,写个自己能懂的笔记。原文章https://mp.weixin.qq.com/s?src=11&timestamp=1614829597&ver=2925&signature=Nk6gYbvOy1oLxfLLRebtKG1gExdskrmR9WyVRSTikRE0BrPODMgfZMj5Bmt9ujn97ljEe7mdTEwdgV4c5stlLFmSYe153xt8kxpKXHRlbr2g7X0Xn9C*xotKu3A0BZ9i&new=1

有要看的去原创,我的比较简单方便我自己操作,毕竟人老了记性不好。

启动子预测网站:http://genome-asia.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway redirect=manual&source=genome.ucsc.edu

输入自己的基因 点击进入 点击进入 设置前2000和后100为启动子区域

submit

输出启动子结果

转录因子预测网站:http://alggen.lsi.upc.es/cgi-bin/promo_v3/promo/promoinit.cgi?dirDB=TF_8.3

1.select species

人类或者其他, submit

2.select factor

可以选择自己感兴趣的转录因子,submit

3. search site

把1中的启动子序列吧唧进去,submit

左上角的15可以修改,越小结果越少。

输出结果,只看到一个

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