你听明白了吗和我说明白了吗是两个点。你听明白了吗？主要是问你的理解力是否能够理解我说的话？这句话主要侧重点在你的理解力上，而不是在于我说的是否明白。
我说明白了吗？问的是我自己表达的，是否清楚明了？表示的是一种谦虚和体贴的行为，我觉得是一种更有礼貌的行为。
昨天接到一个电话，他在电话中带着一种指示命令的口吻，本来听着就不舒服，然后每做一次停顿都问你听明白了吗？心里面就觉得更加不是滋味，我就发了一句牢骚，只要您说的是中国话，只要您表达的足够清楚，而我是中国人，我能听得懂中文，而我又不傻，我怎么会不明白呢？
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