批量下载SRR数据

一、prefetch 下载

1.　
打开NCBI数据库（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/），在搜索框输入要查询的编号。
2.
在搜索结果中勾选你感兴趣的样本，选择右上角Send to – File – Accession List，  点击Create File，下载SraAccList.txt 文件
3.
下载安装最新版本SRA Toolkit。（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/sradownload/#ui-ncbiinpagenav-heading-4  ）
4.
运行命令：**prefetch --option-file SraAccList.txt**
下载完成后，文件被存储在默认目录：**/home/usrname/ncbi/public/sra/**

cat SraAccList.txt

SraAccList.txt

二、 Ascp 快速下载

软件下载：
wget http://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.7.4/aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz
tar -zxvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz
sh aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.sh
添加环境变量：
vi ~/.bashrc
export PATH="/home/username/.aspera/connect/bin:$PATH" # username为你的用户名

下载单个SRA文件
ascp -T -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T -l200m anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR526/SRR5266611/SRR5266611.sra .

Aspera的用法：
$ ascp [参数] 目标文件 目的地址
Aspera的常用参数：
-T    不进行加密。若不添加此参数，可能会下载不了。
-i string
输入私钥，安装 aspera 后有在目录 ~/.aspera/connect/etc/ 下有几个私钥，使用 linux 服务器的时候一般使用 asperaweb_id_dsa.openssh 文件作为私钥。
--host=string
ftp的host名，NCBI的为ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov；EBI的为fasp.sra.ebi.ac.uk。
--user=string
用户名，NCBI的为anonftp，EBI的为era-fasp。
--mode=string
选择模式，上传为 send，下载为 recv。
-l string
设置最大传输速度，比如设置为 200M 则表示最大传输速度为 200m/s。若不设置该参数，则一般可达到10m/s的速度，而设置了，传输速度可以更高。

批量下载 ，首先创建一个accession文件，用于保存序列号

$ head accession.txt
SRR5266611
SRR5266610
SRR5266609
SRR5266608
SRR5266607
SRR5266606

写个简单的循环，进行批量下载,down_SRR_data.sh 脚本内容如下：

for i in `cat accession.txt`;do
x=$(echo $i | cut -b1-6)
y=$(echo $i | cut -b1-3)

ascp -T -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T -l200m anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/$y/$x/$i/$i.sra .
done

#download from EBI
#EBI
ascp -QT -l 300m -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/$x/$i/$i_1.fastq.gz ./
ascp -QT -l 300m -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/$x/$i/$i_2.fastq.gz ./

SRA database ftp地址规律：

/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/{SRR|ERR|DRR}/<first 6 characters of accession>/<accession>/<accession>.sra

推荐Acsp 下载，比prefetch 更加稳定，速度可能更快
tips:
1.如果需要杀掉prefetch 批量下载程序，直接top 后kill prefetch 进程
2.如果需要杀掉Ascp 下载程序，需要首先kill 掉 sh down_SRR_data.sh 进程，再查杀掉 真正运行的Ascp下载程序，于是这个for 循环下载就会全部终止~~~