phylosuite软件使用

作者: 路人里的路人 | 来源:发表于2023-08-04 23:07 被阅读0次

1.目的

使用phylosuite软件完成叶绿体基因组CDS与全长系统发育的基因矩阵准备。本教程针对的是windows版本的phylosuite使用。

2.使用

2.1导入数据

图一
如图一所示点击import files or IDs，然后会跳转到图二，①是从电脑文件中导入，导入的数据格式为gb文件，适合导入的数据类型为自己注释的叶绿体还未上传至NCBI（即未获得登录号）。②是使用Genebank登录号下载NCBI数据库中的数据，这种方法适用于数据量多，或者NCBI数据库上有登录号的数据，只需要把登录号粘贴到框中后点击Start便开始下载（如③）。

图二

2.2提取序列

当数据下载完成后会会在数据框中显示，如图三，选中其中一个数据 $\Rightarrow$ Ctrl+A键全选 $\Rightarrow$ 右键 $\Rightarrow$ Extract $\Rightarrow$ 默认参数 $\Rightarrow$ Strat

图三

2.3 mafft比对

如图四所示，先点击extract_result（①）文件夹 $\Rightarrow$ 选中要比对的文件夹 $\Rightarrow$ 右键 $\Rightarrow$ import to MAFFT $\Rightarrow$ 图五

图四
如图五所示，如果只需要CDS建树就只进行一次比对，选择PCGs即可，如果需要全长建树，则还需要选择RNAs进行一次比对，且后续步骤需要分别对CDS和RNA进行处理。

图五

2.4Trim AI裁剪序列

当上一步完成后先点击mafft_results文件夹 $\Rightarrow$ 选中需要选中的文件 $\Rightarrow$ 右键 $\Rightarrow$ Import to trimAI $\Rightarrow$ 再按图七操作

图六

图七

2.5 序列连接

对于CDS建树的，可以直接按图八进行操作，但对于全基因组建树，则需要先将RNA和CDS的裁剪结果放到同一个文件夹后再进行拼接

图八

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