基本思路就是利用phylosuite软件下载序列，串联寻找mrbayes和iqtree软件的模型，然后用多线程的mrbayes和iqtree跑树。

1.第一步利用phylosuite下载序列（参考：https://www.jianshu.com/p/69f0db0bc91f）

2.提取相关线粒体/叶绿体基因

一般线粒体用13个pcg，叶绿体一般用79个（我这里就用了12个线粒体pcgs序列）

atp6.fas
atp8.fas
cox1.fas
cox2.fas
cox3.fas
cytb.fas
nad1.fas
nad2.fas
nad3.fas
nad4L.fas
nad4.fas
nad5.fas
nad6.fas

3.序列比对，选择mafft

选择Codon模式下的PCGs比对，密码子自己选择，叶绿体选11套，线粒体选择对应的密码子表

4.将比对后的序列进行修剪，选择trimAL

image.png

5.将裁剪后的12个比对序列进行串联,主要是生成concatenation.phy文件

image.png

6.将12个pcg基因串联的文件进行模型选择，选择PartitionFinder。

这里我们要跑两颗树，一个贝叶斯树(mrbayes)和一个ML树（iqtree），所以选模型的时候就分开选择。
ML
打开phylosuite的PartitionFinder选项卡中，models=all
贝叶斯
打开phylosuite的PartitionFinder选项卡中，models=mrbayes

因为mrbayes需要特殊的nex文件格式，这个也需要phylosuite来做

7.打开phylosuite的mrbayes选项卡，

————记住，不需要运行——————，只需要点击Show MrBayes Data Black，把里面的内容保存，点击save to file,生成mrbayes需要的nex文件。

image.png

中间是比对的序列

image.png

至于iqtree需要的文件已经在第6步的结果文件中了，叫做IQ_partition.nex

image.png

。
我们只需要把IQ_partition.nex和串联的文件concatenation.phy放到服务器上就可以用iqtree跑了。

8.多线程mrbayes构建贝叶斯树

在此之前需要安装mpirun和多线程版本的mrbayes

wget https://www.open-mpi.org/software/ompi/v2.0/downloads/openmpi-2.0.2.tar.bz2

解压安装

image.png

cd /your_path/913_mb

mpirun -np 40 /public/nonrootsoft/mrbayes-3.2.7/src/mb ./mrbayes.nex

等待结果即可

9.iqtree跑多基因树

iqtree -p IQ_partition.nex -s concatenation.phy -msub  mitochondrial -B 1000 --alrt 1000 -T 40
## -p 指定NEXUS/RAxML partition file
## -msub nuclear核基因组/ mitochondrial线粒体基因

等待结果即可