和平只是短暂的，在杰克带领纳美人取得了阶段性的胜利以后，人类并没有忘掉当年被纳美人遣返的耻辱，当然更重要的还是潘多拉星球丰富的矿产资源，于是一个野心勃勃的开始筹备新一次的进攻。
通过大量关于纳美人资料的研究，一批军事科学家找出了对付纳美人最简洁有效的武器——脱毛剂，科学家的研究发现，纳美人有着独特的精神体系，让他们可以与大自然互相融合，如果将他们与那些星球上的怪树和动物隔离开，他们将一无是处。而一个大家都知道的情况是：纳美人与大自然链接的唯一途径就是他们那长长的辫子。
新一轮的进攻开始了，在杰克和族人们还在睡梦中的时候，一批批“脱毛剂炸弹”铺天盖地的被投了下来，当纳美人惊慌失措的召唤他们的飞龙和战马时，却惊奇的发现他们精神的纽带——辫子，竟然奇迹般的瞬间脱落了。
纳美人被打败！圣树被摧毁！人类开始了矿产的大肆挖掘。
纳美人撤退到了大山深处，光秃秃的头顶让他们彻底绝望，但命运之轮却没用停止它的转动，一败涂地的纳美人在这绝望的深渊里迎来了命运的又一次转机：他们在深山里遇到了自己世代的敌人：暗黑纳美。
这些皮肤黝黑，害怕光线，长相与身材又与自己非常相似的同族，远在杰克到来的好几个世代前就存在了，那时他们也是纳美人的一员，而且是诸多家族中比较优秀的几个之一。但由于某些分歧让他们与纳美人的其他家族渐行渐远，并最终激起了公愤，引发了内部战争，结局就是“暗黑纳美”被永远逐出了森林，走投无路的他们被迫转让了地下，那里有庞大的植物根系，他们的精神得以继续延续。
遇到暗黑纳美让杰克他们非常恐惧，他们害怕这些有着世仇的邻居会落井下石，但大敌当前，暗黑纳美选择了不计前嫌，接纳了这些曾经的兄弟。
在这里，杰克了解了当年暗黑纳美被驱逐的原因：他们尝试用精神念力来代替毛发，与圣树进行精神交流，这样的超前意识虽然有它的积极意义，但其不稳定性也让绝大多数纳美人恐惧。于是，作为异类，他们被永远驱逐，但精神念力的运用却并没有停止，相反，由于再没有外人打扰，这方面的运用开始变的成熟，并最终取代了毛发。
杰克说服了族人，跟随暗黑纳美学习使用精神念力，召回了战马和飞龙，并在暗黑纳美的协助下，带领大家对人类发动了最后的反攻……
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