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RNA-seq能测到rRNA序列吗?

RNA-seq能测到rRNA序列吗?

作者: 佳名 | 来源:发表于2021-03-19 10:51 被阅读0次

    编码rRNA的基因属于中度重复序列,在基因组上有多个拷贝。
    人的5.8s,18s,28s都由RNA45S编码,转录后剪切为5.8s,18s,28s
    在基因组上总共又5个RNA45S,分别为RNA45SN1RNA45SN2RNA45SN3RNA45SN4RNA45SN5。分别位于13,14,15,21,22号染色体上。
    理论上,RNA-seq有去除rRNA的过程,虽然能测到,但是应该丰度较低。

    RNA28SN1.PNG
    RNA18SN1.PNG
    RNA5-8SN1.PNG
    从RNA-seq结果来看:表达量:28s:18s:5.8s=180:10:1
    既然是同一个基因转录的,为什么表达量差别这么大呢?

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