2018-01-05 fastq-dump

作者: e8a37405cb53 | 来源:发表于2018-01-05 10:30 被阅读0次

2018-01-05 fastq-dump
测序数据的格式转换与质控
fastq-dump报错
都8102年了，还用fastq-dump，快换fasterq-d
将SRA转为fastq,fastq-dump
pfastq-dump的使用
【原创】新一轮的sra2fastq2018-10-15
2019-11-08
NCBI SRA Toolkit | prefetch下载数据,
# Error: xz compression not avai

fastq-dump --defline-seq '@$sn[_$rn]/$ri' --defline-qual '+' --split-files SRR2976716.sra

fastq-dump --defline-seq '@$sn[_$rn]/$ri' --defline-qual '+'  --split-3 --gzip SRR2976716.sra

--defline-seq
--defline-qual
改变read的id格式，使其与一般测序id格式一致，否则一些软件无法报错

2018-01-05 fastq-dump
--defline-seq--defline-qual改变read的id格式，使其与一般测序id格式一致，否则一些...
测序数据的格式转换与质控
一、测序数据的格式转换 sra文件下载好后，使用fastq-dump转换数据格式： fastq-dump --sp...
fastq-dump报错
fastq-dump报错有时在使用fastq-dump转换sra文件时，可能遇到下面的错误这是因为你的磁盘不够...
都8102年了，还用fastq-dump，快换fasterq-d
之前写过一篇文章Fastq-dump: 一个神奇的软件，详细介绍了fastq-dump的用法。虽然fastq-d...
将SRA转为fastq,fastq-dump
fastq-dump --gzip --split-files SRR10096826.1.sra fastq-d...
pfastq-dump的使用
多核版的fastq-dump 单端： for i in *sra; do pfastq-dump --gzip -...
【原创】新一轮的sra2fastq2018-10-15
fastq-dump.sh fastq-dump --gzip --split-3 -O ~/microRNA_s...
2019-11-08
.sra 格式变为 .fastq nohup fastq-dump --split-3 SRR7881539.sr...
NCBI SRA Toolkit | prefetch下载数据,
1 获取： SRA toolkit主页： fastq-dump: https://ncbi.github.io/s...
# Error: xz compression not avai
[原创](javascript:;)热带冠头鱼[2018-01-05 15:25:54](javascript:;...