linux系统安装软件

1. 认识conda

1.1 conda就是linux系统中的应用商店。
1.2 miniconda是我们在生信分析中需要的

2. 下载和安装conda

2.1 在清华镜像网站找到需要下载的conda的版本及其链接。
2.2 在linux中使用wegt命令下载miniconda.sh脚本
wegt https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
2.3 用bash命令安装sh脚本,记得一路yes＋enter
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

安装miniconda
2.4 安装以后要激活！
source ~/.bashrc
2.5 配置国内镜像网站

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda

conda config --set show_channel_urls yes

3. 使用miniconda下载软件

3.1 conda search 软件名
搜索conda软件
conda search fastqc
3.2 conda install 软件名
conda install fastqc -y
conda install fastqc=0.11.7 -y

安装fastqc

3.3 conda remove 软件名
conda remove fastqc -y

卸载软件fastqc

4. conda 环境

4.1 查看现在有哪些环境
conda info --envs

查看环境

4.2 创建新环境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic。

创建新环境

4.3 激活新环境
conda activate rna-seq

激活rna-seq
4.4 退出新环境
conda deactivate
退出rna-seq

5. 卸载和删除conda

5.1 先删除miniconda目录
rm -rf ~/miniconda3
5.2 环境变量中去掉conda，进入文本删路径
vi ~/bash_profile
5.3 删除隐藏的文件和目录
rm -rf .condarc .conda