一、Miniconda 软件管理器

功能：类似于app store

miniconda安装并激活s

1、搜索 miniconda 清华，进入https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/
2、找到最新版本复制下载链接（https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh）
3、打开xshell，进入目录biosoft
4、wget 后面加复制的链接，使用右键粘贴
5、安装：bash Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh

图片.png
5、激活：source ~/.bashrc
6、输入conda
图片.png
7、添加镜像网站

# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

使用conda

1、查看当前服务器上安装的所有软件 conda list

图片.png

2、安装软件： conda install fastqc -y y表示后续都yes的意思
3、查看是否安装成功：输入fastqc --help
出现了大量文字，说明安装成功

安装成功

4、卸载：conda remove fastqc -y

二、Conda环境

1、创建新环境：conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y -n 指name，具体参照conda create -h
（比如说要处理转录组数据的时候，创建名叫rnaseq的conda环境，安装软件fastqc、trimmomatic）
2、查看当前环境：conda info --envs

还是base
3、激活新的conda环境：conda activate rna-seq
4、查看，成功创建
*的就是默认环境
5、查看安装的软件：输入软件名字，如刚才安装的fastqc
有信息说明软件存在
6、退出环境：conda deactivate