当你准备论文初稿时，第一件事就是检查每章节的内容是否遵循了论文的标准顺序，这种结构通常会回答以下问题：
引言：你做了什么/别人做了什么?
为什么这样做？
方法：你怎么做的？
结果：你有什么发现？
以及
讨论：这意味什么？
论文主体后面紧跟着结论、致谢、参考文献和附件材料。
这是论文发表时候的顺序，不过我们在写论文的时候很可能不是严格按照这个顺序来的。
准备论文初稿的11个步骤：
数据和图表
研究方法
研究结果
讨论。完成结果和讨论之后再写简介。因为如果讨论不够的话，你怎么在简介里客观展示你的研究的科学意义？
清楚的结论
激发读者兴趣的引言
摘要
简明且有描述性的题目
关键词
致谢
参考文献
在你写论文之前，还有两件非常重要的事情必须完成，而这两件事能够为你论文写作的整个过程奠定基础。
研究的题目应该是第一个要解决的问题。明确你的假设和目标（这些将会出现在引言里）
检索与题目有关的文献挑选出一些文章引用（大约30篇）（这些在参考文献里要列出）
最后，记住每个出版商都有自己的风格和参考指南，所以要仔细阅读投稿指南。好了，接下来我们把每一步的细节总结一下。
第一步
◆◆数据和图表
一个数据的价值堪比1000个字词，图释和图表是展示结果最有效的方法，而数据是文章的有力论据。
怎样决定用数据还是图表展示数据呢？一般情况下，数据可以直观展示实验结果，而图表经常用于实验结果的对比，一般是与之前的研究对比，或者与有计算或理论价值的数据比较（如图1）
图1
图1是将数据展示在表格和条形图的例子，根据你的目的把数据放在表格（如果强调数据）或条形图中（如果比较不同的元素），但要注意：表格里不要有竖线。
不管你用什么，文字表述过的信息就不要再用表格说了。另外强调一个重要的点：图标的内容要一目了然（如图2）。
图2
在一个表格或图中，所有的信息必须是帮助读者理解文章内容而存在的，包括图中的缩写也要加注，以及文章提到的位置坐标要标示清楚。
图表的效果同样重要！要注意避免点太密集（如图3），每个图只用三四个数据集；范围也要恰当选择。选用一个合适的轴数据范围，可以包括清楚的符号和数据集，以便区分。不要把图设计的过长（例如，乳状液系统的化学组成），可以作为附件材料附上。
图3
图3是一个展示数据的例子。左边的图数据多，点都挤在一起，而右图的数据被分成两个数据集，点代表数值，非常适用于学术讨论。
如果你用图像，每张图都要有标尺或比例尺，保证每个小细节的质量。
在图像或表格中，只有在必要时才用彩色，如当论文上交发表时。如果能用不同的线条表示就不要用彩色或者其他特别的效果，否则期刊会多收你很多钱。当然，在线杂志就不存在这个问题了。对于很多期刊来说，你可以交一份有颜色的图片供在线期刊使用，一份黑白图供纸版期刊。
图4是一个数据集的彩色和黑白两种版本
另外一个常见的问题就是线形图和柱状图的错误使用。线形图里的数据主要是用于表示随着时间的变化或连续的样本数据（例如，从海岸到近海的横断面）。然而，当样本之间没有关系或不表示渐变时，就要用柱状图。
图5
图5是使用线型图（左上时间连续；左下渐变）和柱状图的例子，左下和右下的图表示数据是一样的：表示渐变的时候要用左图（例子是一个维度的横切面），而柱状图则没有表示渐变。
一定要细心留意：有时候图表中的字体太小不符合杂志格式，会影响读者看图。
图6
图6是准备手稿时的图。第一张图中的数据是看不清，而第二张图则可以看到。
最后，还要注意小数和单位等小细节的正确使用（图7）。
图7
图7是关于图表中使用直线、小数和小数点的例子。小数点要用点而不是逗号，单位的位置一般是在上面，本图是为了更加清楚就放下面了。
第二步
◆◆研究方法
这一部分主要回答了“怎样解决问题”。如果你的论文用了新方法，需要把具体的信息写出来，这样方便读者重复你的实验。
不过，不要重复已经存在的理论方法细节，利用参考文献和附件材料暗示前人的研究进展情况，大体上的总结或关键性的参考内容就够了。
审稿人对不完整或不正确方法的描述会非常反感，并且你的论文会因此被拒，因为研究方法对于整个论文的研究过程是非常重要的部分。因此确保论文中所有涉及的化学物质都是可确认的，不要使用拥有专利、未经鉴定的化合物。
呈现准确控制的实验数据，可重复很重要。
实验方法的顺序与结果里保持一致，按照做研究的逻辑顺序来：
描述实验地点
描述做的调查和实验，根据日期提供信息等等。
描述实验方法，对不同样本分开的描述，并进行理论分析。如果你在研究生物多样性，要从简单的（如微生物）到复杂的（如哺乳动物）。
这一部分的描写一定要避免使用评论性、结论性以及讨论性文字，这是很常见的错误。
第三步
◆◆研究结果
这一部分回答了“你发现了什么”的问题，因此，只需要把有研究中有代表性的结果呈现出来，结果应为讨论奠定基础。
不过要记住，大多期刊提供增加附件资料的机会，所以好好利用这个机会，把那些次要的数据也放上去。所以不要想着把数据藏起来下次用了，否则你可能失去一个证明结论的有力数据。如果数据实在太多，建议使用附件材料。
你可以用副标题把类似的结果写一起，这样有利于审稿和阅读，给副标题标上序号，便于文章内的交叉引用，但这样做之前必须参考出版商的投稿指南。
用逻辑顺序来描述数据就像讲故事一样简单易懂。一般情况下，这部分与研究方法描述那部分保持一致。
另外，必须要注意一个重要的问题：千万不要在研究结果部分里提到参考文献；你是在展示研究结果，所以在这里你不能参考别人的结果。如果你参考别人的结果，也只能是在讨论你的研究结果的时候提，其实这是必须在论文的讨论部分（Discussion section）中出现的内容。
统计规则：
用所有的相关参数表明统计学测试的使用：例如，平均值和标准差（SD）；中位数和百分位。
用平均值和标准差描述常态分布数据
用中位数和百分位描述偏态数据
除非要特别精确数字的情况下才用有效数据（能用2.08说清楚就不要用2.07856444）
不要用百分数描述很小数据。例如：“两个中的一个”就不要说50%
第四步
◆◆讨论
在讨论部分，你需要说明研究结果的意义，这看起来是论文里最好写的部分了，但其实最难下笔，并且这也是论文中最重要的部分。在讨论部分，你有机会好好展示你的研究数据，很多投稿被拒就是因为讨论部分写得不够好。
讨论部分要和研究结果部分相辅相成，但是不要简单地重复研究结果。这里可以与前人的研究结果做对比，也可以引用引言里的参考文献，请不要忽略跟与你结论不同的说法。反过来，你要向读者证明你的结论更准确。
记住下面几点小提示：
1.不要写结论无法支撑的观点。
2.避免不明确的表达如higher temperature, at a lower rate, highly significant等的说法。使用定量描述（如：35ºC, 0.5%, p<0.001, respectively）。
3.不要突然引入一个新的术语或观点；在引言部分要把所有内容都呈现出来，并且与后面的结论呼应。
4.可以对一些可能的事件做出假设，但是必须要有事实根据，不要靠想象。
怎样进行合理的假设？
研究结果部分与引言部分列出的问题或观点如何联系起来的？
数据能否支持你的假设？
你的研究结果与其他的研究有没有雷同
讨论缺点和差异。如果你的研究结果出乎预料，尽量解释原因。
有没有别的方式来说明你的研究结果？
研究结果部分中提出的问题有没有必要在进一步研究中解决？
解释一下研究的创新点在哪里，不要有任何夸张。
5.检查结论和讨论不仅仅是纸上谈兵，你需要进一步做实验或模拟。有时候，你不能用语言阐述你的观点，因为一些很重要的东西并没有实质性的研究。
第五步
◆◆清楚的结论
结论部分表示你目前研究的突破。在一些期刊里，这是单独呈现的部分，还有一些期刊作为讨论部分的最后一段。然而不管出现在什么地方，结论部分不清楚，审稿人就会很难判断你的论文是否值得出版。
结论部分容易犯的错误就是重复摘要内容或只列实验结果。记住，不要在这部分陈述你的实验结果。你应该采用合适的语言提供逻辑清晰的科学论证，明确其用途和扩展，也可以表明将来的实验以及哪些实验正在进行中。
你可以提出与引言里的相关观点，以及目前在全球研究情况的具体结论。
第六步
◆◆写一个吸引人的引言
引言部分是论文作者说服读者相信他所做研究工作实用性的最好机会。
优秀的引言应该能够回答下面的问题：
研究要解决什么问题？
有没有现存的解决办法？
哪个方法是最好的？
研究最主要的局限是什么？
你希望研究能够取得什么结果？
期刊编辑希望看到你的研究视角与杂志的宗旨一致。你要介绍你的研究基于什么科学文献，引用一些原创及重要的研究成果，包括最新的论文。
但是，编辑讨厌不适合地引用很多与研究无关的文献，或对你自己成果不恰当的判断。他们会觉得你没有目标性。
以下是对引言的另外一些小提示：
简明扼要，开门见山，引言不要冗长。
展示研究数据时谨慎的心理可以理解，但是不要忘记开始要有一个总括。
引言部分一定有全球研究动态，再到自己独特的视角，引导读者接受你的观点。
陈述论文的目标以及研究问题的方法策略，但是不要把引言和结果、讨论以及总结混在一起。论文初稿就要按逻辑严格遵守论文的写作顺序，把各个部分区分开。
假设和观点必须在引言的最后陈述清楚。
novel, first time, first ever, paradigm-changing等词能不用就不用。
第七步
◆◆摘要
摘要主要说明你做了什么，你的研究有什么重要发现，相当于论文的广告。摘要一定要有趣易懂，不用阅读全文就能知道你的主要内容，避免使用行话以及不常见的缩写和参考。
摘要一定要准确，用词能明确传达研究的意义，简要描述论文的视角和目的。摘要提供重要结果，但是不要有太多实验细节。另外，别忘了在最后一句中要简要描述结论。
一个简明扼要的摘要将影响你的论文是否值得进一步读下去。然而摘要应尽可能短小，一般情况下是在250英文单词以内，不过还是要记得去看一下投稿指南。这里有一个很好的摘要例子：
摘要里回答了最重要的两个 “what”.一下是例子，我作为共同作者发表在Ecological Indicators的文章摘要：
What has been done? "In recent years, several benthic biotic indices have been proposed to be used as ecological indicators in estuarine and coastal waters. One such indicator, the AMBI (AZTI Marine Biotic Index), was designed to establish the ecological quality of European coasts. The AMBI has been used also for the determination of the ecological quality status within the context of the European Water Framework Directive. In this contribution, 38 different applications including six new case studies (hypoxia processes, sand extraction, oil platform impacts, engineering works, dredging and fish aquaculture) are presented."
What are the main findings? "The results show the response of the benthiccommunities to different disturbance sources in a simple way. Those communities act as ecological indicators of the 'health' of the system, indicating clearly the gradient associated with the disturbance."
第八步
◆◆简明且有描述性的摘要
题目必须宏观解释论文内容，这是第一个（也许是唯一的一个）吸引读者注意的机会。记住，你的第一读者是期刊编辑们和审稿人们，以及可能会引用你文章的作者，所以第一印象很重要！
由于出版物太多，编辑或审稿人也没有时间阅读所有的科研论文，因此论文的筛选通常是从题目开始的。
审稿人会检查题目是否明确，是否反映了稿子主要内容。编辑会淘汰那些没有意义或没有充分表达主题的题目。因此，题目要简明且具有足够的信息（清楚简短、描述性强）。如果可能要避免使用技术术语和缩写，因为文章要尽可能吸引大批读者。多用些时间想想论文题目，与其他共同作者讨论。
下面是一些论文原本的题目、在审稿人看过之后修改的题目以及审稿人的评论，请大家围观一下：
Example 1
♢ Original title: Preliminary observations on the effect of salinity on benthic community distribution within a estuarine system, in the North Sea
♢ Revised title: Effect of salinity on benthic distribution within the Scheldt estuary (North Sea)
♢ Comments: Long title distracts readers.Remove all redundancies such as "studies on," "the nature of," etc. Never use expressions such as "preliminary." Be precise.
Example 2
♢ Original title: Action of antibiotics on bacteria
♢ Revised title: Inhibition of growth of Mycobacterium tuberculosis by streptomycin
♢ Comments: Titles should be specific. Think about "how will I search for this piece of information" when you design the title.
Example 3
♢ Original title: Fabrication of carbon/CdS coaxial nanofibers displaying optical and electrical properties via electrospinning carbon
♢ Revised title: Electrospinning of carbon/CdS coaxial nanofibers with optical and electrical properties
♢ Comments: "English needs help. The title is nonsense. All materials have properties of all varieties. You could examine my hair for its electrical and optical properties! You MUST be specific. I haven't read the paper but I suspect there is something special about these properties, otherwise why would you be reporting them?" – the Editor-in-Chief.
第九步
◆◆选取关键词
关键词的主要作用是为论文建立索引，是论文初稿的标签。确定论文关键词的时候，不要用那些意义太广的词，也不要用题目里包含的词。
有些期刊不允许关键词中包含杂志的名字，例如Soil Biology & Biochemistry 不允许 "soil"选为关键词。
只有领域内建立已久的缩写才可以用（如：TOC，CTD），不要用那些不常见的缩写（如：EBA，MMI）。
再一次强调去仔细阅读投稿指南，确定期刊对论文关键词、标签、定义、索引词等的要求。
第十步
◆◆致谢
致谢部分你可以感谢那些在论文写作过程中对你提供帮助的人。例如，你可以感谢在写作过程中提供技术支持和校对的人；也许最应该感谢的是你的导师、给你提供资助的人或者项目基金。（编/译者按：甚至你还可以向你的男/女朋友求婚，当然首先你要有一个）
第十一步
◆◆
参考文献
论文的参考文献部分特别容易出现错误，这是一个很让人恼火的问题，同时也让编辑很头疼。但是其实很容易可以避免这个问题，因为有很多可用的工具。
在文章中，你要将所有引用的文献列出来。但是不要引用太多文献，不要过多自引。严格按照投稿指南的要求列出参考文献，参考文献格式是作者的责任与编辑无关。检查格式对于编辑来说是很麻烦的，给他们的工作创造便利，他们会很欣慰的。
最后，检查以下内容是否正确：
作者姓名的拼写
出版的年份
“et al”的用法
标点
文献有没有列全
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