#美国弗吉尼亚
8核64G，高主频型
4.5rmb/h
新建用户
adduser wuxiaobin
passwd wuxiaobin
赋予root权限：usermod -g root wuxiaobin
修改/etc/sudoers 文件 重启
准备工作
#安装RSEM
wget -c https://github.com/deweylab/RSEM/archive/v1.3.1.tar.gz
tar -xzvf ..
#安装相应配件
sudo yum install gcc-c++
sudo yum install zlib zlib-devel
#安装 R...
sudo yum install epel-release
dnf install 'dnf-command(config-manager)'
dnf config-manager --set-enabled PowerTools
dnf install R
#安装perl
dnf install perl
dnf install perl-Env
make
make install DESTDIR=/home/my_name
#安装STAR
wget https://github.com/alexdobin/STAR/archive/2.7.3a.tar.gz
tar -xzvf
#进入bin目录检查
#添加环境变量
export PATH=/home/wuxiaobin/STAR-2.7.3a/bin/Linux_x86_64:$PATH
export PATH=/home/wuxiaobin/RSEM-1.3.3:$PATH
第一步：fastq文件下载
安装sratoolkit（https://www.jianshu.com/p/26f6083f0e7f）
wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz
1.下载安装压缩包，解压
tar -xzvf ./
2.进入bin目录
./vdb-config --interactive
进入图形化界面后按x退出完成激活
下载：
nohup prefetch --option-file ./gse.txt &
#转换为fastq
nohup fastq-dump SRR2061752.sra &
or 双端
nohup fastq-dump --split-filesSRR2061752.sra &（split-file，spilt-e，split-3）
第二步：去除低质量reads和去接头
安装fastp
wget http://opengene.org/fastp/fastp
双端(3 min)双端数据全部先质控 在进行比对！
nohup ~/fastp -i ~/c_0_1.fastq -o ./test_1.fastq -I ~/c_0_2_clipper.fastq -O ./test_2.fastq -Q --thread=8 &
单端(2 min)
~/fastp -i ./SRR7912011.fastq -o ./qc.fastq -Q thread=8 -q 20 -u 20 -3 -W 4 -M 20
第四步：比对回帖
star和rsem的下载安装
建立索引(鼠和人)40min
wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_mouse/release_M24/gencode.vM24.annotation.gtf.gz
wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_mouse/release_M24/GRCm38.primary_assembly.genome.fa.gz
建立索引
/home/wuxiaobin/RSEM/bin/rsem-prepare-reference -gtf ~/gene_annotation/gencode.vM24.annotation.gtf --star -p 8 ~/gene_annotation/GRCm38.primary_assembly.genome.fa ~/second_object/mus_ref/mus_gencode
nohup /home/wuxiaobin/RSEM/bin/rsem-prepare-reference -gtf ~/gene_annotation/gencode.v31.annotation.gtf --star -p 8 ~/gene_annotation/GRCh38.primary_assembly.genome.fa ~/human_ref/human_gencode &
计算表达量
SE data:
nohup rsem-calculate-expression --star -p 8 --no-bam-output ./qc.fastq ~/ref/mus_ref/mus_gencode ./mus38_gencode &
PE data：
~/RSEM/bin/rsem-calculate-expression --paired-end --star -p 8 --no-bam-output ~/test/test_1.fastq ~/test/test_2.fastq ~/human_ref/human_gencode ~/test/pe/human38_gencode
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