##### -a 输出所有multipy alignment ####
bowtie2 -p 18 -a -x /media/pc/disk2/jjc/piPipes-1.5.0/common/mm9/mm9.piRNAcluster -U pac-zcchc8-control-2-1_trim.fq-S control2-1.sam
samtools sort -@ 18 -o control2-1.bam control2-1.sam; samtools index -@ 18 control2-1.bam
##### 统计reads数目 ####
samtools idxstats control2-1.bam> control2-1.txt
##### normalize 每挖掘百万个miRNA时piRNA的reads数目####
piRNA reads数目 * 1000000 / 总miRNA数目
##### -a 输出所有multipy alignment #### bowtie2 -p 18 -a -x /...
HTseq统计基因reads数 HTseq是用于分析基因表达量的软件，能够根据基因结构注释GTF文件对排序过的SA...
简书：没有生物学重复的转录组数据怎么进行差异分析？ edgeR需要的数据是reads数，可以设置BCV值，做单样本...
trim-galore过滤低质量的reads 转录组分析 | 使用trim-galore去除低质量的reads和a...
###分析测序原始reads的GC含量的必要性 二代测序平台存在一定的偏好性，通过分析原始测序reads的GC含量...
一、单个位点甲基化水平： 单个位点的甲基化水平＝支持甲基化C的reads数/总的reads数 对于参考基因组上的C...
RPM（CPM） 每百万读取（mapped）的reads数对测序深度进行标准化 例如，对一个具有5M reads的...
Rna-Seq数据分析第一步：reads mapping Reads mapping是指将测序得到的DNA片段（也...
由reads count数计算TPM 和FPKM下载gff文件http://venanciogroup.uenf....
此前，介绍过在转录组分析过程中使用HTseq统计reads数量；HTseq统计reads数量。本次介绍一款速度较于...
本文标题：piRNA reads数分析
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/lsvrlqtx.html
网友评论