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R package:Mfuzz进行基因表达的时间趋势分析并划分聚

R package:Mfuzz进行基因表达的时间趋势分析并划分聚

作者: 佳名 | 来源:发表于2022-12-31 17:20 被阅读0次

    安装

    BiocManager::install("Mfuzz")
    
    library("Mfuzz")
    data(yeast)
    ##缺失值的处理
    yeast.r <- filter.NA(yeast, thres=0.25)
    yeast.f <- fill.NA(yeast.r,mode="mean")#还可以是knn/wknn
    ##标准化数据
    yeast.s <- standardise(yeast.f)
    ## m值评估
    m1 <- mestimate(yeast.s)
    ## 评估C聚类簇数
    tmp  <- Dmin(yeast.s,m=m1,crange=seq(4,40,4),repeats=3,visu=TRUE)
    
    ##表达水平低或者波动小的数据处理
    tmp <- filter.std(yeast.f,min.std=0)
    
    聚类.png

    参考资料
    R语言Mfuzz包:分析时间序列的组学数据 - 墨天轮 (modb.pro)
    https://mp.weixin.qq.com/s/J5hNJlNj2-fSIOkFLlfhMg

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