1864年，经过反复厮杀，长达14年的太平天国之乱终于被曾国藩的湘军平定了，不过此时北方的捻军却仍然令清廷坐立不宁。
曾国藩被朝廷封为为钦差大臣，统率湘军、淮军及其他部队镇压捻军，可惜一年多下来，战果有限，己方却数次大败。曾国藩为什么剿灭不了捻军呢？这是部队、战术和政治因素多种原因的综合结果。
捻军的「捻」是淮北方言，意为「一股一伙」，早期基本上是乡里敲诈勒索的泼皮乡民，到了饥荒年景，入伙人数膨胀，所谓「居者为民，出者为捻」，它的存在性质就是以流寇为主。
在军事上，捻军不以建立根据地和政权为目标，始终保持比较高的流动性，在机动中寻找战机取得战术上的主动，在一定程度上还有相当的群众基础，使得在情报、人力资源、后勤保障上占有优势。
太平天国的目标是消灭清朝，建立政权，所以太平军的军事行动都是服务于一个基本目标：攻城略地，占领地盘。在南京建立政权后，军事行动主要依然是这个目标，后期主要是打破清军的围堵，保卫自己的根据地。
湘军的武器装备是建立在早期的热兵器基础上的，比如火炮，技术比较初级，移动起来很不方便。
在面对太平军的时候，湘军主要的战法是「结硬寨，打呆仗」，就是先巩固好自己的营寨，保证自己的基本安全，然后再考虑进攻。曾国藩以守为攻，非常注意挖沟，防御时挖沟，进攻时挖沟，这样既能保证自己的军队安全，也防止敌军逃跑。
「打呆仗」就是一个城一个城的推进，巩固好自己的后方。这种战术对付太平军时非常有效，因为太平军是一个有组织的政权，湘军可以不断的建立堡垒线，层层推进，稳扎稳打。曾国藩就是利用这六个字与石达开、李秀成等人反复较量，最终攻克了南京。
捻军没有可靠的根据地，每次湘军的堡垒线建立起来之前，捻军就主动出击，这让曾国藩无可奈何，所以湘军围剿捻军多年，劳而无功。后来曾国藩只能命令各路军队围堵捻军，但捻军属于骑兵作战，清军没有很多骑兵，几次围堵后均宣告失败。
在此时，一支捻军部队竟然绕过河北各路军队，出现在卢沟桥上，北京告急，全程封闭，虽然这支捻军没有攻城的实力，但是也给清廷不小的惊吓与打击。
早期的太平军，与捻军很相似，属于流寇，不以占领某地为目的。曾国藩与太平军作战，起初也是败多胜少，以至有了「屡战屡败，屡败屡战」之说。
直到1853年太平军定都南京，开始正规化，湘军才开始占据优势。另外定都南京后，太平军内讧，出现「天京事变」，杨秀清、韦昌辉被杀，石达开出走，太平天国由此元气大伤，后来没有恢复，由此给了湘军趁虚而入的时机。
湘军战斗力强悍，可并不是朝廷的正规军，他们是曾国藩组成的团练，只服从曾国藩的命令。在太平天国时期，清廷就一直猜忌曾国藩，并且越来越明显。
曾国藩于1853年开始了为期十年之久的镇剿太平军。然而湘军出师不久，因战役失利，他两次企图自杀，以身殉国。
1854年，曾国藩攻陷武昌不但没有获得封疆大权，反而受到了朝廷的责难。这时，朝廷在太平天国首都南京周围建立由清军组成江南、江北两个大营，目的是让湘军出力，清军收功，使得曾国藩在六、七年的时间一直处于虚悬的地位。
1860年江南大营覆灭后，清廷知道剿灭太平军仍要靠曾国藩，这时才授予其两江总督实权并以钦差大臣身份出任军务，但是这并不意味着清廷放松了对曾国藩的猜忌之心。
曾国藩在攻克太平天国的都城南京后，清廷方面在喜悦的同时也十分不安。太平天国被剿灭后，清廷的第一反应是命令各路军队警惕曾国藩，防止其裂土称王，甚至暗中带有强烈的杀机。
曾国藩很明白自身的处境，处于对清廷的忠义，为了避免清廷的不安，他做出停解部分厘金，裁撤湘军的决定。他此时已经明白了清朝政府的用心，时刻谨慎，处处小心。
尽管如此，清廷还是对他仍不放心，慈安和慈禧违背了咸丰皇帝当年的许诺，并没有封王，仅仅给封了一个侯爵。
清廷本不打算用曾国藩平定捻军，在他们看来，汉人已经掌握了南方各省的军政大权，如果再调用曾国藩北方平乱，万一成功，功高盖主，清朝根基不稳。
清廷用蒙古名将僧格林沁负责平乱，此人虽作战勇猛却智谋不足，最终被捻军击毙。迫于无奈，清廷只能再次启用曾国藩，曾国藩在遭受一系列打击之后，非常清楚清廷对他的态度，但还是抱病再次出山。
剿灭太平天国后，曾国藩的声望达到最高峰，李鸿章和左宗棠等晚清名臣此时还不能与他同日而语。
清廷希望曾国藩速战速决，不给他太多时间，在清廷的压力下，曾国藩只支撑了一年半，「念权位不可久处，亦有忧谗畏讥之心矣」，便主动请辞告退。
清廷只好命令李鸿章和左宗棠负责剿灭捻军，清廷这样做，是在分散曾国藩的势力，也是牵制曾国藩的一种手段。李鸿章负责剿灭东捻军，左宗棠负责剿灭西捻军。
他们的军队与湘军相比，优势在于轻武器多，所以机动性较湘军高许多，可以在围堵的同时，用主力部队追击，驱赶压迫捻军，将捻军压缩在一个小范围内消灭。李鸿章无论战略还是战术，几乎都师承曾国藩，坚持了一年半，终于大功告成，彻底剿灭了捻军。
当时，如果多给曾国藩一两年，平定捻军也不是难事。对此，《清史稿》的记载比较公正，如其所述，剿捻的战略如「防河之策，皆国藩本谋也」。
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