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自己写代码计算单细胞转录组数据的CNV及绘制热图

自己写代码计算单细胞转录组数据的CNV及绘制热图

作者: 因地制宜的生信达人 | 来源:发表于2019-04-23 22:00 被阅读101次

    前面我们提到过broad开发了工具来对单细胞转录组数据计算CNV及绘制热图,因为这个方法学本来就是他们建立起来的。

    • 单细胞转录组数据分析CNV
    • 使用broad出品的inferCNV来对单细胞转录组数据推断CNV信息
    • 使用inferCNV来推断CCLE转录组数据的拷贝数变异
    • 使用inferCNV来推断2014的science关于GBM文章的单细胞转录组数据的拷贝数情况
      我也拿那个软件在普通的bulk转录组数据,CCLE数据库数据,以及两个单细胞数据集测试了,最后在2014的science关于GBM文章的数据里面验证了,可以说已经学会了该软件的使用,但是只会用软件成不了气候,还是得深入理解原理。

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