前言：读书的时候曾经天天接触blast的网页版，在序列比对算法中，论速度，blast绝对是名列前茅的，借着这次工作的项目，再来温习一下伟大的blast算法原理，已经后续会记录一下blast+本地化的参数详解。
BLAST，全称为Basic Local Alignment Search Tool，采用了启发式的算法来快速比对序列。首先将query序列打断成子片段，称之为seed words，然后将seed与预先索引好的序列进行比对，选择seed连续打分较高的位置采用动态规划算法进行延伸，延伸过程也会进行打分，当打分低于某一限度这一延伸过程就会被终止抛弃，最后产生了一系列的高得分序列。最后还要使用E-value对其显著性进行评估，选出比对结果最好的序列。blast的执行过程大致如下图所示：
How BLAST works
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