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文献笔记七十二:Chloroplot~叶绿体基因组圈图可视化的新

文献笔记七十二:Chloroplot~叶绿体基因组圈图可视化的新

作者: 小明的数据分析笔记本 | 来源:发表于2020-10-21 16:25 被阅读0次
    文章题目

    Chloroplot: An Online Program for the versatile plotting of organelle genomes

    期刊

    frontiers in Genetics
    25 September 2020
    University of Helsinki

    这个工具是一个shiny应用 链接是 https://irscope.shinyapps.io/chloroplot/ 应该是和IRscope同一拨人开发的

    image.png

    可以看到这个界面就很像。

    主要功能是上传GB文件,画细胞器基因组的圈图,之前实现这个功能大部分人可能会使用 ORGDRAW这个工具 https://chlorobox.mpimp-golm.mpg.de/OGDraw.html。这个工具都是很长时间之前的了。细胞器基因组的研究可能相对关注的人少一点,基本很少有新的可视化工具出来。

    这个shiny应用还挺好用的,直接上传genbank格式文件,就可以获得结果。如果是叶绿体基因组,还可以在图上显示反向重复区的信息。而且可以根据genbank文件直接自己判断是叶绿体还是线粒体。而且还可以添加额外的注释信息。具体应该如何准备这些额外的信息,比如基因表达量等等。等自己可能会用到的时候再来学习吧。

    他还可以自己选配色

    image.png

    这个默认的配色我感觉还挺好看的,上面显示了颜色值,我们自己用R语言做图的时候可以直接使用这个颜色值。

    结果图还挺酷炫的,下面是论文中的几幅配图

    image.png image.png

    正在做细胞器基因组研究的可以考虑使用这个shiny应用重新画一下自己的圈图了。

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