在GetOrganelle组装结果中，如果直接成环且无多余的正向、反向重复序列，那么就能看到图1所示的结果。
图1 结果其三
graph1.1与1.2就是ssc的两种构象。但若基因组存在IR区之外的重复序列，这里的graph就会增多，例如图2，在IR区中存在一个正向重复，导致出现6种可选构象（图3）
图2 IR区存在一个正向重复的叶绿体
图3 由于重复序列，出现6种可选构象
每个gragh1.x的长度均为160570 bp，但将图2进行理论性重构应该是90315+7062+1204+1102+251302+19143=161830 bp。
于是我在Bandage中对图2进行拆解。正向重复的部分拆解很容易，但为了得到如图1那样针对ssc的两种构象，我反复尝试，按照图4的方法，却总是难以获得想要的那两种构象，有时虽然获得了（图5-B），但确是出于巧合。我很疑惑，在我出乎意料地获得第三种构象（图5-C）后，我开始领悟。Bandage的remove or merge对数据的调整是绝对的，任意一种可能的模式调整都会导致数据采取不同的拼接方式。连线方式看起来只有图4两种模式，但结果应该有四种：即LSC and SSC各有正反两种构象，故共可拼出四种数据。如何才能由两种连线方式拼出四种构象呢？实际上当对IR deplicate时，复制品的移动可以向上或向下（图6），经试验，这将导致不同的构象。因此，若想得到目标构象，需先以一个方向，一种连线方式进行试验。然后以所得构象的共线性结果进行分析，决定如何移动IR与连线。
图4 在LSC那头选择平行或交叉的连线方式 （图片来自(https://blog.csdn.net/salty_fish_xu "啵啵_啵啵啵啵")
）
图5 偶然获得三种构象与参考基因组的共线性（这里只是用于判断ssc的构象，与参考完全符合的构象应该是B以虚线为对称轴的图像）
图6 Deplicated IRs have two optional move directions for ssr conformation
获得正确构象，还需先将positive and negative nodes的结果一并导出（图7），否则可能只有图5那种整体反向的结果。保存的fasta再由bandage打开，可以看到两条未成环的线，选择性删除后保存，其中之一是正确的目标构象（图8）。构象校对后的叶绿体基因组全长160675 bp，不是理论的161830 bp，发现是正向重复deplicate, merge之后就缩短了，也许是软件重新审查了重复序列的边界，导致的吧。
图7 Save entire graph
图8 正确的构象
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