叶绿体基因组 四分体结构鉴定

B站视频

序列获取

组装过程.png

getorganelle和Spades等组装软件，得到的fastg或者gfa文件解环得到fasta文件

序列调整

共线性分析.png

由于IR区域的存在，因此叶绿体基因组具有四分体结构，分别包括了一个LSC区域，一个LSC区域，两个IR区域，分别命名为IRa和IRb
而在叶绿体基因组分析过程中，首先要做的就是将叶绿体基因组序列调整至以LSC第一个碱基作为序列的起始，但叶绿体基因组为环状结构，可以在任何位置切开，且当跨区域序列较短时，使用Geseq等软件一般很难得到准确的结果，因此自己开发了鉴定四分体结构的脚本，脚本的获取请看上面的B站视频，里面讲解了具体的用法

SSC调整

SSC的调整请使用nucmer实现

conda install nucmer #或者使用源码安装

nucmer源码地址

nucmer --mum -p chloroplast ref.fasta test.fasta
delta-filter -m chloroplast.delta > chloroplast.filter
show-coords -T -r -l chloroplast.filter > chloroplast.1coords
mummerplot --postscript -p chloroplast chloroplast.delta
ps2pdf chloroplast.ps chloroplast.pdf

组装序列SSC方向与参考序列相同时，绘图如下

SSC方向相同.png

组装序列SSC方向与参考序列相反时，绘图如下

SSC反向.png

写在最后

SSC方向.png

我们首先应该确定参考序列的SSC方向是我们想要的方向，一般是ycf1长基因位于SSC末端的是NCBI中常见的序列。
然后进行共线性分析，
如果结果如图3，表现出良好的共线性时（即一条直线时，则表示SSC方向相同），
如果如图4时，则表示SSC方向相反，因此需要进行SSC方向的调整。具体的脚本和使用方法，请看B站视频。

共线性参考链接