一万年前的马古拉洞穴壁画，保加利亚(Wikimedia Commons)
大约七千年前，也就是在新石器时代，人类基因库的多样性发生了奇怪的变化。在接下来的两千年里，Y染色体的基因多样性大幅下降，仿佛1个男性对应17个女性。非洲、欧洲、亚洲都出现了这种现象。如今，研究人员通过计算机模型，找到了这种神秘现象的可能原因：父系氏族的战争。
从现代人类的基因模式推断，人类基因多样性确实发生过下降现象。然而，这种现象通常会影响整个群体，而非单个性别——它通常是由于某场灾难事件导致人口数量下降，进而导致基因多样性下降。因此，新石器时代发生的Y染色体基因多样性下降现象令人困惑，因为它只影响男性。
这意味着，它不是由环境因素、而是由社会因素造成的。在12,000-8,000年前，人类的社会结构发生变化，进入农业文明和父系社会。其实，基因多样性下降不一定意味着人口数量下降——男性人口数量也许保持在原有水平，但能够繁衍后代的男性数量下降了。随着财富和权力的积累，只有少数男性能够成功繁衍后代。这是社会意义上、而非生物意义上的“适者生存”。
在父系氏族里，女性可以嫁到其他氏族，而男性只能一辈子待在本氏族。也就是说，在氏族内部，Y染色体的变异有限。不过，这依然无法解释为什么不同氏族间的差异也很小。对此，科学家是这样解释的：如果小规模冲突消灭整个氏族，那么也就连带消灭了Y染色体的许多变异。
计算机模型证实了这种情况的可能性。模拟显示：在父系氏族里，即女性流通于不同氏族、而男性待在本氏族内时，氏族战争对Y染色体的多样性具有重大影响；然而，允许男性和女性在不同部落间流通的社会结构则无此效应，即便发生部落冲突。也就是说，容易爆发冲突的父系氏族社会是最有可能造成Y染色体基因多样性下降的原因。
考古遗传学理论和人类学理论支持了这个观点。首先，在史前时代，父系世系群体是群体间竞争的主要社会单元，他们常常爆发冲突、彼此消灭。此外，欧洲人的DNA样本分析显示：男性的亲缘性比女性高。相较于狩猎采集时代，在新石器时代晚期，欧洲人的Y染色体来自数量较少的一小群人。在牧民里，这种模式格外明显。
有趣的是，这种效应的强度存在地域差异——东亚、东南亚人口不如欧洲、西亚、南亚人口那么明显，这可能是由于父系文化在各个地区的重要性存在差异。
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