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单细胞3'文库和5'文库的区别

单细胞3'文库和5'文库的区别

作者: Hayley笔记 | 来源:发表于2022-08-01 17:21 被阅读0次

单细胞测序方法和原理系列：

单细胞3'文库的捕获磁珠：尾部是Poly(dT)VN，直接和mRNA的polyA尾结合

酶切片段化之后得到的是端3‘片段（barcode和UMI序列放在3'端）

参考：单细胞转录组建库原理：SMART、TargetAmp和10X genomics

单细胞5'文库的捕获磁珠：尾部是TSO

mRNA先被Poly-dT捕获后合成末端带CCC的序列

CCC序列再与TSO尾端的rGrGrG序列结合（barcode和UMI序列放在5'端）

参考：单细胞免疫组库：TCR基因重排原理和TCR测序建库方法

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