vcf格式转fasta格式

作者: 耕读者 | 来源:发表于2020-08-12 14:34 被阅读0次

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    ## 这个比较简单好用。

    ## 第一步

    cd /datapool/gesong/mengqinglin/sh/

    bgzip -c 你的.vcf > 你的.vcf.gz

    tabix -p vcf 你的.vcf.gz

    ##第二步

    cat 你的参考基因组.fasta \

    | bcftools consensus \

    你的.vcf.gz > 你的.fa

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