vcf格式转fasta格式

作者: 耕读者 | 来源:发表于2020-08-12 14:34 被阅读0次

参考此网站改善的:https://www.jianshu.com/p/a23d6f1226a1

## 这个比较简单好用。

## 第一步

cd /datapool/gesong/mengqinglin/sh/

bgzip -c 你的.vcf > 你的.vcf.gz

tabix -p vcf 你的.vcf.gz

##第二步

cat 你的参考基因组.fasta \

| bcftools consensus \

你的.vcf.gz > 你的.fa

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