staramr:批量分析细菌的耐药基因、质粒携带情况

当使用ABRicate查找菌株耐药基因等时有一个比较头疼的就是要找一堆菌的时候比较麻烦，因为难以批量处理。那么有没有可以一次批量处理的呢？当然是有的，那就是staramr了
starmar可以批量的将菌株基因组与resfinder、pointfinder、plasmidfinder数据库进行比对，输出一个汇总好的excel文件，新版本还加入了MLST分析。
还是推荐使用conda安装，最好指定版本，若不清楚最新版本可到源github或者bioconda查看
conda install -c bioconda staramr==0.7.1
一般用法，以3株NCBI数据库中的沙门氏菌为例，输入
staramr search *.fna -o amr/
等待一段时间即可得到结果

结果包含了菌株的耐药基因型，预测对哪些抗生素耐药，是否携带质粒，MLST类型等。每一项都有一个具体的工作表对应详细结果。

若所需要比对的菌株staramr支持比对到pointfinder，则可以指定--pointfinder-organism （目前仅支持沙门氏菌，弯曲杆菌，粪肠球菌和粪肠球菌）
例如上一个例子，可以这样：
staramr search *.fna -o amr2/ --pointfinder-organism salmonella
会在所需要比对的菌株中使用pointfinder的数据库预测是否含有因染色体上基因突变所引起的耐药，所输出的excel会多一个piontfinder的结果。

参考
staramr源项目地址：https://github.com/phac-nml/staramr
ResFinder, Plasmidfinder & PointFinder：http://www.genomicepidemiology.org/
所用菌株：
GCF_000006945.2
GCF_000195995.1
GCF_001558355.2