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perl 合并两个文件

perl 合并两个文件

作者: 花生学生信 | 来源:发表于2023-08-26 20:06 被阅读0次

    以下是用perl把两个行数相同的以制表符分割的文件合并,分别去掉两个文件的换行符,第一个文件打印第一列和第四列,第二个文件打印第四列,并输出一个以制表符分割的新文件

    #####sevcf.map文件和emmax.ps文件整合
    ###map文件第一列为chr,第二列为ID,第四列为位置
    ###ps文件第四列为p
    ###ID   chr position    p
    
    #!/usr/bin/perl -w
    use strict;
    
    open svmap,"<$ARGV[0]";
    
    open ps,"<$ARGV[1]";
    
    open OU,">$ARGV[2]";
    
    print OU "ID\tchr\tposition\tp\n";
    
    while(my $line1=<svmap> and my $line2=<ps>){
        chomp $line1;
        chomp $line2;
        my @line1=split/\t/,$line1; 
        my @line2=split/\t/,$line2;
        my $chr=$line1[0],my $pos=$line1[3];
        my $p=$line2[3];
        print OU "$chr-$pos\t$chr\t$pos\t$p\n";
    
    }
    close ps;
    close svmap;
    close OU;
    

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