杰克逊的总统任期内最重要的事就是保持联邦的统一。杰克逊和副总统卡洪从第一届任期之初，就有着重大的分歧。
卡洪认为，州权高于联邦。卡洪的主张来自杰弗逊和麦迪逊。在一项国会立法的辩论中卡洪的州权至上论一览无余。
一八二八年，国会通过了进口税的立法，保护美国自己的工业。南方各州反对该立法，南方以农业为主，工业品依赖进口，进口税会使南方进口产品涨价。南方各州因此反对进口税，并称其违宪。卡洪的家乡南卡罗莱纳拒付进口税。
卡洪为此写了一篇声明，为其辩护。声明中提出了“否定原则”，称联邦不拥有主权。卡洪指出，联邦由各州协议而成，这协议就是宪法。卡洪说，宪法划分了州和联邦的权力，但并没有明确主权。卡洪说，主权属各州，各州签署宪法时没把主权交给联邦，一旦州和联邦间发生分歧，州有权自行其事。若联邦法律违宪，该法律在州内无效。
怎样的法律才违宪呢？按卡洪的理论，决定权在各州，不在联邦最高法院，最高法院只是联邦的一部分。联邦法案，要是州认为其违宪，或不符合其利益，州就能缓行该法。要由联邦中其他各州来决定该法是否违宪。若三分之二的州批准该法，提出质疑的州就要接受，否则只能退出联邦。若批准该法的州不到三分之二，则该法违宪，任何州都不能执行。
参院就此进行辩论。南卡罗莱纳的罗伯特·海恩说，给予联邦过多的权力是最邪恶的事请。他的观点是“自由第一，联邦第二。”麻萨诸塞的参议员丹尼尔·韦伯斯特反驳道，宪法并非州的产物，不只是各州间的一纸协议。宪法是根本大法。韦伯斯特还说，宪法在州和联邦间进行了划分，联邦与州一样得到了人民赋予的权力。
韦伯斯特称，各州无权拒绝联邦的行为，法律上各州无权自行退出联邦。州与联邦发生分歧，该由联邦最高法院做出裁决。韦伯斯特说，海恩的“自由第一，联邦第二，”是一派胡言，二者不可分割，自由和联邦，从现在到永远，不可分离。
没人知道杰克逊的态度。辩论期间杰克逊没表态，南卡罗莱纳为了得到他的支持，设宴纪念前总统杰弗逊。晚宴上的讲话是精心设计的。先是称颂杰弗逊的民主理念，然后是一七九八年，弗吉尼亚反对联邦的《外国人法》和《惩治叛乱法》。
当话题到了南卡罗莱纳反对进口税时。杰克逊起身祝酒，他双眼直视卡洪平静地说，“我们的联邦必须保持。”卡洪没有想到，杰克逊会反对“否定原则”，手一哆嗦酒洒了出来。接下来卡洪起身说：“联邦很宝贵，仅次于自由。”卡洪又说：“我们要记住，只有尊重各州，让各州平等享有联邦的福利和负担，联邦才能得以保持。”
几分钟后，杰克逊离席，大部分人紧随其后。“否定原则”在南方很有市场，两年后死灰复燃。后来又成了美国内战时，南方分裂的依据。
杰克逊和卡洪的矛盾的另一个原因是战争部长约翰·伊顿的夫人佩祺。伊顿和佩祺的婚姻是杰克逊一手促成的，佩祺的第一任丈夫客死外地。伊顿很喜欢佩祺，但不敢贸然迎娶，他就教于杰克逊，杰克逊极力促成了他们的婚事。但卡洪和他在内阁的朋友宣称伊顿和佩祺曾婚前同居，想方设法把佩祺排斥在首都上层社交圈之外。为此，伊顿曾向内阁成员挑战决斗，但没人应战。
让人吃惊的是，杰克逊还为佩祺的事召开过一次内阁会议，但没有结果。还是足智多谋的范布伦解决了这个难题。他先提出辞职，于是内阁全体辞职，伊顿体面地退出内阁，卡洪在内阁的人也只好退出。杰克逊的内阁危机就解决了。事后，杰克逊任命范布伦为驻英大使。
杰克逊为了安慰佩祺，在老家为她举办了宴会。佩祺在宴会上出尽了风头。宴会散后，杰克逊不知去向，佩祺来到了杰克逊夫人墓上。果然，杰克逊在雷切尔墓上大哭。杰克逊对佩祺说，“雷切尔生前曾为我流过很多泪，今天，我要用泪水偿还她。”
解决了内阁危机，“否定原则”的难题并没解决。卡洪和他的支持者们坚持说，州有权否定联邦法律。杰克逊让人转告“否定主义者”，“告诉他们，他们可以畅所欲言，发表决议、提出威胁，要是他们为反对联邦法律而流血的话，我会在我能找到的第一棵树上吊死我能抓到的第一个人。”杰克逊是个说到做到的人，他说到了绞刑，就会去找绳子。支持“否定原则”的南卡罗莱纳议员召集了一次特别大会，五天内就通过了一项“否定宣言。”称，一八二八年和一八三二年的联邦进口税法违宪，因此被取消。并宣称，南卡罗莱纳人民不需缴纳进口税，如果联邦用武力强制执行的话，他们就退出联邦。杰克逊毫不示弱。他宣布，美国政府是由宪法组建的，联邦不是享有主权的各州结盟，南卡无权废除联邦法律，无权退出联邦，武力退出就是叛国。杰克逊说，“联邦法律必需执行，这是宪法赋予我的职责，我别无选择。”杰克逊甚至要求国会授予他调遣陆海军执行联邦法律的权力，国会批准了他的请求。杰克逊派遣了八艘军舰前往南卡的查尔斯顿，同时驻兵南卡的联邦军事基地。杰克逊也在寻求和平解决的方案。在给国会的年度报告中，杰克逊提出，为了不伤害南方棉花出口，进口税会降低。国会通过了一项妥协法案，决定于一八四二年终止进口税。南卡接受了该妥协，投票取消了否定法案。但他们没有彻底放弃“否定原则”。一直到一八六一年的内战，美国用了四年时间，六十二万人的生命才最终解决了州和联邦之间的主权之争。
杰克逊还同美国银行进行了一次较量。国会一八一六年拨款成立美国银行，特许经营二十年。银行由私人经营，但可以动用国库的钱发行贷款，银行每年只向政府缴纳一百五十万美元就行了。因此，美国银行有黄金一样的信用。美国银行的规模接近一个完整的国家货币体系。它在各地有分行，控制所有地区的经济。杰克逊任职期间，美国银行的行长是尼克拉斯·比德尔，他是个奇才，十三岁从宾夕法尼亚大学毕业，十八岁担任美国驻法大使秘书。比德尔很清楚自己的权力。在他看来，联邦无权干涉银行业务。
杰克逊每年向国会发表年度报告时都批评美国银行。他说，美国银行威胁到了人民的自由。还说，美国银行通过向政客贷款，操纵政党。杰克逊反对延长银行的特许权，建议在财政部下面成立一家新银行。美国银行的前途在参众两院进行了激烈辩论。参院里主张延长特许权的除了克雷以外，还有丹尼尔·韦伯斯特，众院里的支持者以前总统亚当斯为首。参院里的反对者是密苏里参议员托马斯·本顿。本顿说过，“我反对延长特许权，在自由平等的法律体制下，美国银行过于强大，它让富人更富，穷人更穷。”参院的投票结果是：二十八票支持，二十票反对。三周后众院投票：一百零七票赞成，八十五票反对，批准延长美国银行的特许权。议案递交白宫。杰克逊在内阁会议上说，“能力教育或是财富的平等不是人力所能控制的。法律面前，所有人都享受同等的保护。但是，如果这些法律被用来让富人更富，让有权有势的人无法无天的话，社会底层的成员就有权表达不满，要求公正。”杰克逊否决了延长美国银行特许状的法案。
一八三二年，杰克逊第二次被民主党提名为总统候选人。这次杰克逊还是由民主党全国代表大会推选出来的，范布伦为竞选伙伴。大会通过了一项原则，要求必须达到三分之二的票数才能被提名为候选人，这项原则一直延续到一九三六年。杰克逊的竞选对手克雷是来自肯塔基的辉格党人。杰克逊和克雷都代表西部。竞选主题是美国银行的命运。克雷称摧毁银行，会损害金融界和小额贷款者的利益。然而，大多数普通大众支持杰克逊对银行的攻击。克雷谴责杰克逊建立“政治分肥制”，滥用否决权，压制国会，称其为“国王安德鲁一世”。民主党则将克雷描绘成风流放荡的赌徒。西部和南方以绝对优势支持杰克逊，在新英格兰杰克逊也有了一些支持者。选举结果是，杰克逊和克雷分别得到百分之五十五和百分之四十二的普选票，杰克逊的选举人票为二百十九票；克雷四十九票。
杰克逊的第二个任期内，美国银行的特许权问题又被提出来。克雷是辉格党领袖，是美国银行在参院的支持者。他在参院内发表长篇大论，敦促参院延长特许权，克雷说：“国家正在经历一场革命，虽然尚未流血，但如果任其发展的话，美国政府的共和色彩就会变质，权力会集中在一人手中。”克雷说的是杰克逊。克雷还说：“国会要是不采取行动，政府就会垮台，我们会象奴隶一样死去。”克雷要求参院谴责杰克逊违宪。参院批准了克雷的决议。众院好些，詹姆斯·波尔克为杰克逊提出辩护。他说：“美国银行培植势力，成为强大的、不负责任的，跟政府争夺权力的对手。如果让美国银行占了上风，今后任何一位总统，都要屈从美国银行。问题是，我们选择没有美国银行的共和国，还是没有共和国的美国银行。”
比德尔说：“出路只能来自国会。美国银行没必要去纠正那些可怜人制造的错误。总统以为他可以让美国银行唯命是从，他错了。”然而，比德尔犯了一个致命的错误。他要求宾夕法尼亚州长在州议会上发表支持美国银行的讲话。同时，比德尔又拒绝了宾州三十万美元的贷款。宾州州长一怒之下，发表了反对美国银行的讲话。宾州参院同意州长的看法。宾州参院通过决议案，反对延长美国银行的特许权。两天后，纽约州长提议抛售四百万到五百万美元的股票，帮助州银行。纽约州议会投票批准了，还增加了抛售股票的数额。这一行动加强了纽约州内银行的实力。比德尔知道败局已定，只好增加贷款，美国经济困境逐渐消失了。美国银行败下阵来。比德尔失去国会的支持。联邦众议员詹姆斯·波尔克提出了四项决议，第一项是，不再延长美国银行的特许权；第二项是，政府资金不再存入美国银行；第三项是：政府继续将资金存入各州银行；第四项是，对美国银行和金融困境的原因展开调查；四项决议全部通过。美国银行的官员说：“这一天，应该从共和国的历史中抹掉。美国总统背离法律，夺取公共财政，他的行动居然得到了国会的批准。”杰克逊则简单得地说：“我取得了伟大的胜利。”
像许多西牛仔一样，杰克逊曾吃过新英格兰银行家的大亏。杰克逊认为美国银行是个精英机构，垄断金融业，不顾民众利益，偏袒新英格兰的制造业。一八三六年特许状到期，美国银行遭到解散。杰克逊将一千多万美元联邦基金从美国银行提出，分别存进几个州银行。杰克逊的这种做法，遭到了参院的强烈反对。美国银行一经解散，州立银行扩大了其信用，自行发行纸币，引发了土地投机和通胀。一八三六年，杰克逊签署法令要求公共土地买卖用黄金、白银支付，该法令消除了赊欠问题，结束了土地投机，但引发了一八三七年的经济恐慌。
杰克逊对待印第安人则完全是以白人利益为主，他把切罗基人从自己的家乡佐治亚州驱赶到俄克拉荷马州。途中有四分之一印第安人死去，切罗基人把这次痛苦的旅程称作“血泪之途”。
一八三五年初，杰克逊遭到暗杀，他是第一个遭到暗杀的总统，实在是因为好运才躲过了一劫。一个油漆工走到离他不远处，向杰克逊开了一枪。但子弹未射出。杰克逊上前，用手杖痛击了这个凶手。凶手再开了一枪，这次离的很近，又是哑火。这种情况发生的可能性是微乎其微。
杰克逊任上另一件大事，是德州的独立。在斯第芬·奥斯丁和杰克逊的好友山姆·休斯顿的活动下。德州从墨西哥的统治下独立了出来，休斯顿是杰克逊最忠诚的朋友，他一生都坚持杰克逊对国家的信念“联邦必须保持”。
退休后的杰克逊回到了纳什维尔附近的“隐士之家”庄园。在一八三七年后的经济萧条时期，杰克逊的棉花买不出去，只得靠借贷维持经营。这时候，杰克逊对国家政治仍然保持着浓厚的兴趣。杰克逊积极地为范布伦助选，同时帮助詹姆斯·波尔克在政治上的发展，也为吞并得克萨斯州四处奔走。
杰克逊晚年的健康非常不好，痛风、肺结核、和白内障引起的右眼失明让他非常痛苦。去世前，他已不能平躺。一八四五年六月八日下午，杰克逊从昏迷中醒来，不久，有陷入昏迷。杰克逊和身边的人都意识到他不行了，他临别时的愿望是，希望能与所有的朋友在另一个世界见面，听到有人哭，杰克逊说，“不要哭，要乖，我们在天堂再见。”入夜之前，德克萨斯总统休斯顿带着孩子赶到了，但没能见上老友最后一面。身材高大的休斯顿在杰克逊的遗体前，双膝下跪放声痛哭，把脸埋在良师益友杰克逊的胸前。休斯顿把小男孩拉到身边说，“儿子，要记住，你见到了安德鲁·杰克逊。”根据杰克逊的遗嘱，他被安葬在“隐士之家”庄园的墓地里，雷切尔的旁边。
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