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ggplot2优化小提琴图(添加组间差异显著性,基础知识)

ggplot2优化小提琴图(添加组间差异显著性,基础知识)

作者: 单细胞空间交响乐 | 来源:发表于2021-06-15 11:34 被阅读0次

    这里不直接用ggplot2画,因为要做差异分析,所以直接用ggpubr

    step0.数据读取

    load("Type.Rdata")

    首先外面是一个小提琴图,中间一个箱式图,然后两两之间做差异分析,而且排列要从低到高,并且要用*来表示p值的显著程度
    step1.映射

    x轴是类型,y轴是表达量,填充的颜色按照type来区分,所以直接引用ggviolin

    library(ggpubr)
    ggviolin(Type, x="Type", y="GeneExp", fill = "Type")
    
    图片.png

    step2.调色

    柳叶刀配色

    ggviolin(Type, x="Type", y="GeneExp", fill = "Type", 
             palette = c('lancet'))
    
    图片.png

    step3.添加箱式图(可选)

    需要给它打上白色,覆盖下面的小提琴图配色

    ggviolin(Type, x="Type", y="GeneExp", fill = "Type", 
             palette = c('lancet'),
             add = "boxplot", 
             add.params = list(fill="white"))
    
    图片.png

    step4.排序(order函数)

    比如要看泛肿瘤里面各种肿瘤里面特定基因的表达量之间有没差异,就可以用这个小提琴图来进行展示,这时候order就可以排序了

    type "Amplification","Normal","Deletion")
    ggviolin(Type, x="Type", y="GeneExp", fill = "Type", 
             palette = c('lancet'),
             add = "boxplot", 
             add.params = list(fill="white"),
             order=type)
    
    图片.png

    step5.对比

    三组两两对比 :先定义一下三组之间的关系,再用一个对比函数,stat_compare_means设置两两比较

    my_comparisons=list(c("Deletion","Normal"),
                        c("Normal","Amplification"),
                        c("Amplification","Deletion"))
    #my_comparisons
    #[[1]]
    #[1] "Deletion" "Normal"  
    #
    #[[2]]
    #[1] "Normal"        "Amplification"
    #
    #[[3]]
    #[1] "Amplification" "Deletion"  
    type "Amplification","Normal","Deletion")
    ggviolin(Type, x="Type", y="GeneExp", fill = "Type", 
             palette = c('lancet'),
             add = "boxplot", 
             add.params = list(fill="white"),
             order=type)+ 
      stat_compare_means(comparisons = my_comparisons)
    
    图片.png

    基础知识,多多学习

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