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R绘制组间差异显著性图

R绘制组间差异显著性图

作者: R语言数据分析指南 | 来源:发表于2020-11-12 13:55 被阅读0次

ggsignif包提供了一个单层geom_signif,可以计算组之间差异的显着性,并将注释添加到单行中

rm(list = ls())
pacman::p_load(tidyverse,ggtree,aplot,reshape,ggsci,ggExtra,ggsignif)
ggplot(iris,aes(Species,Sepal.Length,fill=Species)) + 
    geom_boxplot()+geom_jitter(shape=16,size=2,position=position_jitter(0.2))+
    geom_signif(comparisons = list(c("versicolor", "virginica"),
                                   c("versicolor","setosa"),
                                   c("virginica","setosa")),
                                   map_signif_level=T,
                textsize=6,test=t.test,step_increase=0.2)+
    guides(fill=FALSE)+xlab(NULL)+theme_classic()
boxplot.jpeg

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