bug千千万，改完又忘，忘了又出……

记录在Seurat分析中各种各样的花式bug们

1. FindVariableFeatures()报错

Error: Cannot add more or fewer meta.features information without values being named with feature names

这个是RNA这个assays下面meta.features的名字里面有NA值，我推测是我在修改基因名或者是取子集的时候导致的bug，正常不会遇到，所以只要重新指定一下就好

data[["RNA"]]@meta.features <- data.frame(row.names = rownames(data[["RNA"]]))

参见 https://github.com/satijalab/seurat/issues/2317
当然，核心问题还是矩阵命名的问题导致的，想办法把基因名重新命名就好了，不能有一些特殊符号，例如‘-’之类的（github垃圾 都没有具体解决方法）

2. FeaturePlot() 显示不是很明显

这个问题其实不算一个bug（你用错了assay导致的弥散另说），其实是需要手动处理一下，把上下限的极值去除掉
If there are expression outliers in the FeaturePlot this can sometimes make it hard to visualize the full range of expression. You can set the min.cutoff and max.cutoff values in FeaturePlot to change the minimum and maximum values displayed. You can set this to a quantile by using for example “q5” for the lower 5%.

3.整合报错

Finding integration vector weights
Error in Embeddings(reduction)[nn.cells2, dims] : subscript out of bounds

这个意思基本就是一个整合要用到的anchor都没找到
至于为啥会这样呢？大概率是交集的基因没有（就是基因名不对应），例如一个是小鼠的（Gad1）一个对象是人类的基因（GAD1），这就不对应，把小鼠的所有基因名转为人的同源基因名再整合就可以了。

4. SplitObject报错

Error: No cells found

检查：

1. metadata的行名是不是和Seurat object的列名一致（一般都是这个原因，基本上就出现在自己手动构建的对象里面，按正常的方式构建的对象不会有这个问题）
   解决：rownames(data@meta.data)=colnames(data)
2. 检查对象/metadata里面有没有NA

持续更新……