以linux系统为例
首先,在$HOME目录下,新建一个文件.Rprofile,并进入vi编辑器:
vi ~/.Rprofile
按下键盘Insert键进入vi的编辑模式,然后我们就可以输入代码配置默认环境变量了。比如:
#设置R包默认安装镜像:
options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))) #以清华大学镜像为例
#设置bioconductor的默认安装源:
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor") #以清华大学镜像为例
#设置默认R包安装路径,以后重装R就不用重新装包了:
.libPaths("自定义Rlibrary路径")
#设置默认帮助方式为网页:
options(help_type="html")
#设置默认工作目录:
setwd("自定义工作路径") #自定义路径必须已经存在,路径中不要出现汉字
还可以加上其他自己想要初始化的命令。
编辑完成之后,按下键盘ESC键退出到命令模式,再输入命令 :wq 保存退出,下次再进入R就生效了。
多镜像配置
如果担心R包和bioconductor一个镜像不够,可以配备多个网址。相关命令修改为:
options(repos=structure(c(CRAN=c("地址1", "地址2","地址3"))))
options(BioC_mirror=c("地址a", "地址b","地址c"))
这样,安装R包的时候,系统会自动按照从左往右(地址1→地址2→地址3)的优先级从镜像中搜索R包,直到寻着合适的R包或者所有皆未找到报错退出为止。
也可以用CRANextra变量实现:
options(repos=structure(c(CRANextra="第二源地址")))
以win10系统为例
windows10上的R又该如何操作呢?
第①步:打开记事本或者其他文本编辑软件;
第②步:输入默认设置(内容同上述linux案例);
第③步:保存文件到 “此电脑>文档” /.Rprofile (文件没有后缀名哦~);
第④步:重新进入R/RStudio即可。
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