解螺旋科研套路学习一、基础科研五要素

五要素：疾病、表型、模型、检测方法、分子标记
一、由疾入型

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二、化型为模

[图片上传中...(化型为模学员笔记 03.png-b1e8d7-1590137874274-0)]
化型为模学员笔记 03.png
确定了疾病和表型，就开始寻找模型
三个概念：
1、in vitro体外实验，商业化的细胞株属于这种

2、in vivo 就是活体内，也就是动物模型
3、ex vivo 是有定义的，特指直接活体取材，比如取皮肤、脑组织、肠、心脏、血液等，有时候是一部分动物实验完成后取器官、组织等进行分析叫 ex vivo，还有体外培养细胞体内回输的实验，也是 ex vivo，人的组织标本实验也是

第一步，最基础的细胞实验，优点省钱，可重复性高，效果较稳定（商业化细胞株），缺点，与人体情况差比较多
可分为直接购买的商业细胞株与取自原代的细胞株（尽量用前者，尤其是肿瘤，有大量的可供选择）
所以一般是细胞、动物、人组织标本，还有第四个电脑模拟计算的数据
细胞还可以做分子水平研究，所以是五个维度的数据，细胞功能数据，动物实验数据，组织标本数据，分子机制数据，加上生信分析数据

细胞和动物模型都可以分为自发和诱发两种，细胞比较简单，（细胞系/原代），是否需要加入某些干预因素建模；
动物（多用老鼠，饲养方便，繁殖快，研究的人多，基因组信息相对完善，方便操作），转基因动物模型，证据等级更高，裸鼠（先天性胸腺缺陷突变的小鼠），还有PDX模型直接接种来源于患者原代肿瘤组织形成移植瘤模型，这种模型就会带有患者组织的一些特性，不同的患者组织具有异质性，适用于个性化治疗策略的研究
三、法、标两立
法，检测方法，Assay，就是各种生物学试验，我们起码需掌握三点
1、积累表型所对应的评价试验，逐渐形成目录索引index，且一个结论应有多个试验相互佐证才可靠；
2、每个试验的原理和操作流程；
3、每个试验的预期结果。结果的呈现形式，分析方法。
基础科研四个常规体系
1、组学omics
四大金刚，基因组学 genomics 和转录组学 transcriptomics，蛋白组学 proteomics 和代谢组学 metabonomics。配合生物信息学
2、分子实验
典型的分子实验有检测 RNA 的实时荧光定 量 PCR，检测蛋白的 Western blot
上调一个基因一：过表达，下调就叫抑制、沉默。围绕基因操作，你就学习到什么是基因克隆，什么是质粒，什么是病毒载体，以及载体 构建的技术和 RNA 干扰技术等等
3、细胞实验
细胞实验的核心是培养细胞株，可以产出表型功能的最终实验数据，肿瘤具有增殖、抗凋亡，侵袭转移，血管新生等等表型，相应地这些 assays 就有生长曲线，克隆形成，流式细胞仪检测凋亡，Transwell，划痕实验研究运动迁移，血管内皮细 胞在基质胶上的血管形成实验等等。
4、动物实验
包 括对模型鉴定，有没有疾病和表型的特征，以及加了干预因素之后的评价效果。组学，分子， 细胞
标：
分子标志物
比如 OCT-4 特异性表达于胚胎干细胞，可作为胚胎干细胞 的标志物。CD34 选择性地表达于早期造血干细胞、造血祖细胞表面。实验中发现从骨髓和 外周血来源的，CD34 阳性富集的细胞群体显出大部分的造血活性，所以 CD34 被认为是造 血干/祖细胞的标志物，神经干细胞可以用 Nestin 蛋白筛选，Nestin 主要表达在中枢神经系 统的干细胞上，不在成熟中枢神经细胞上表达。肿瘤干细胞的标记 CD44，CD133，应用广泛。所谓的分子标记其实就是特异性表达的一些蛋白，其中大部分 是膜蛋白，便于检测和分选。前面有人研究了发现这个蛋白只在这种细胞，这种表型状态下 表达，而其他地方不表达，那它的表达就可以用来鉴定这种细胞或某种表型。其实只要是特 异性表达的都可以做 biomarker，不限于蛋白。现在得到公认的标都已经有 10 年以上的研究 历史，标是一个领域研究足够深入之后的产物，所谓江山代有才人出，只是新人总让旧人哭。
增殖

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转移

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上皮间质转换

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总结
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