简单回顾一下19年 circRNA 报道的大事件（CELL合集）
-
2019年2月7日 (农历己亥年正月初三) 首篇文章报道了癌症中 circRNA 的研究工作，研究通过比较报道一种能够更完整展示 circRNA 数据的测序方法 [ exome capture sequencing ] ，该方法能够精确且无偏好地评估RNA丰度，转录本覆盖度。构建文库所需的总RNA起始浓度为 0.1-3ug (100ng 样本需要提高PCR循环数)。同时构建了迄今为止最全面的、以肿瘤组织 circRNA 数据目录 MiOncoCirc，网址如下：https://mioncocirc.github.io，之后的几期推文都有应用该数据库，可戳。
-
第二篇同样发表于2019年2月7日，作者采用大队列样本（144列前列腺肿瘤样本）进行非poly-A 富集 RNA-seq 分析，结合与线性转录本的分析及丰富的长期临床随访记录，并引入 CRI 计算 circRNA 是否具有高度表达，通过大量的 shRNA 筛选实验以及 KO/OE 回复实验，证实前列腺癌中 circRNA 能够独立的发挥稳定功能，暗示其具有独特的预后信息可用于临床。
-
第三篇报道了一个七种脊椎动物 circRNA 的综合数据库 circAtlas 2.0，涵盖各样组织 由 CIRI2, DCC, find_circ, CIRCexplorer2 ，并进行统计。circAtlas 2.0 提供不同数据库的 circRNA ID 转换，预测潜在的多肽编码 circRNA (例如：ORF, IRES)，预测 circRNA 调控元件 (例如：miRNA，RBP)、保守性分析及疾病关联分析。地址：http://circatlas.biols.ac.cn/ 。
-
circRNA 不仅能够在肿瘤发生、心血管中发挥重要的功能，除了吸附 miRNA 发挥内源性竞争RNA 的作用，circRNA 还能够识别、转运及储存蛋白参与调控，甚至在特定的条件下能够启动翻译。4月25日 报道了一篇 circRNA 在先天免疫反应中发挥的功能。在研究中，作者发现，较线性 RNA circRNA在结构上更稳定的，且包含 dsRNA 的 circRNA能够结合 PKR 在免疫过程中发挥关键功能。最后通过系统性红斑狼疮样本佐证上述研究，并留下伏笔：外周血细胞群中T细胞的circRNA过表达能够同样调节PKR，那么是否这些底物的变化是否也能作为一个预前指标，提前干预呢？
-
翻译组如火如荼，当然 circRNA也不会落下。5月27日，重磅报道circRNA通过微蛋白翻译参与心脏过程。文章通过核糖体印记测序（Ribo-seq）的方法检测心脏扩张型心肌病（DCM）过程中，聚焦微蛋白，并通过实验证实其中一部分来源于非编码RNA的翻译，其中包括 circRNA。这些 circRNA 不乏明星分子 circCFLAR和心脏特异性 circRNAs、circLC8A1、circMYBPC3 和 circRYR2。本研究使该过程蛋白翻译调控信息更为详实，并再次证实 circRNA 具有翻译能力。工作量及实验复杂度很高，值得一看。
网友评论