线粒体基因组组装流程

Getorganelle依赖Bowtie2，需要先安装Bowtie2

参考了这位老师的教程：linux下bowtie2安装_linux 下载bowtie2-CSDN博客
下载：

wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.4.4/bowtie2-2.4.4-linux-x86_64.zip/download

解压：

unzip bowtie2-2.4.4-linux-x86_64.zip

添加环境变量：

vim ~/.bashrc

export PATH="路径/bowtie2-2.4.4-linux-x86_64/:$PATH"

Getorganelle配环境、安装

官方文档：GitHub - Kinggerm/GetOrganelle: Organelle Genome Assembly Toolkit (Chloroplast/Mitocondrial/ITS)

conda创建环境

conda create -n getorganelle

激活环境

conda activate getorganelle

安装Getorganelle

conda install -c bioconda getorganelle

下载数据库

get_organelle_config.py --add animal_mt  

• --add 后面放所需数据库，这里演示的是动物的

数据库名称	含义
embplant_pt	高等植物质体基因组库
embplant_mt	高等植物线粒体基因组库
other_pt	其他植物质体基因组库
fungus_mt	真菌线粒体基因组库
animal_mt	动物线粒体基因组库
embplant_nr	高等植物核糖体DNA库
fungus_nr	真菌核糖体DNA库

组装线粒体基因组

get_organelle_from_reads.py -1 /data/01/user246/LZY/Ctenomys/00/MNT265_clean_1.fq.gz -2 /data/01/user246/LZY/Ctenomys/00/MNT265_clean_2.fq.gz -o MNT265_out -R 50 -k 21,55,85 -F animal_mt

• -1、-2 参数后面分别放双端的两个文件
• -o 参数后面放输出到哪个目录
• -F 表示与哪一个数据库比对，这里是animal_mt（动物线粒体）
• -R 最短read的长度（50），意思就是只取50bp以上的reads分析
• -K 指定k-mer长度，这里是21、55 和 85

运行结果

单个样本运行结果.png