基因是控制植物性状的关键因子，重测序技术是将基因和性状关联的有效方法，通过构建目标物种基因组，利用重测序方法分析性状关联位点，可以将多个种群间的复杂性状基因调控梳理清晰，解决生产相关的科学问题。科学问题的解决最终要落实到生产之中，帮助人类进步和发展。分子育种技术可以利用基因组、重测序等方法得到的数据和结果，对种质资源进行鉴定、分类和管理，对不同基因的遗传力和不同个体的育种值进行评估，辅助种业生产和优良品种培育，让理论切实落地，助力种质资源的保护与开发。
1.如何从基因入手对未知品种的样本进行品种鉴定？
可以通过将已知品种和未知品种进行测序，获得大量的SNP位点，通过PCA和随机森林方法筛选SNP，并利用交差验证分析等方法对品种鉴定结果的准确性进行评估，最终实现高准确率的品种鉴定。同时可利用这些数据进行群体进化分析。
2.通过GWAS分析得到的位点可以应用于分子育种工作吗？
GWAS分析可以得到大量的性状关联位点，这些位点可以直接用来进行育种值估计，辅助育种，无需重新分析。甚至可以直接利用这些位点进行液相芯片的设计，用于后续样本的基因分型。
3.待测品种较多的情况下，如何降低资金投入？
高深度的重测序方法虽然数据产出高、结果可靠，但对于大量样本的分子育种工作来说过于昂贵。可以选择液相芯片技术和低深度重测序技术进行基因分型，可以大幅降低大量样本的基因分型成本。
4.如果待测品种特别多，如何得到尽可能少的核心位点？
可以利用CoreHunter方法结合不同品种的遗传多样性，筛选尽可能包涵全部遗传信息的核心种质，再使用这些核心种质去筛选核心SNP位点。
5.若要完成品种鉴定分析需要多少个样本？
群体个数 3个及以上，样本个数 30 ± /群体（训练集即已知品种样本，跟测试集即未知品种样本，比例 8:2），其他群体可酌情减少。
6.如何获得可以区分品种的分子标记或者每个品种的“身份证”？
可以对重测序获得的大量SNP位点进行筛选，得到可以区分品种的核心SNP位点，之后可以利用这些SNP位点构建每个品种独有的二维码，可以放到数据库或者报告中，作为区分不同品种的分子“身份证”。
7.基于重测序技术进行育种分子标记开发和品种鉴定需要多少测序深度？
测序深度一般推荐10X，10X深度下可以拥有较高的基因组覆盖度和位点产出，如果是超大基因组物种，可以适当降低测序深度来降低成本，可以降低至8X甚至5X，具体深度需要具体评估。
分子育种是种质资源保护与利用、BT与IT相结合的新方法，通过培育新的优良品种，保障粮食安全、种质安全。未来，诺禾致源将继续挖掘新技术、新方法，帮助育种家创造高质量的农业“芯片”，为中国种业振兴贡献力量！
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