自体免疫疾病是基因与环境交互作用的结果，是综合诸多不利因素而引起的免疫系统无法分辨自体与入侵者的最糟状况。参与其中的遗传因子极为复杂，与由于单一或少数基因突变直接引起的许多遗传疾病不同，各种各样不同的基因都有增加罹患自体免疫疾病的可能。
环境诱发因子同样复杂，其中包括但不限于以下各项因素，
1如暴露在化学品污染物及毒素中，
2曾经发生或正发生的细菌、病毒、真菌及寄生虫感染，
3慢性或者急性压力，
4经生理调控或药物调控的激素，
5饮食（不仅是食物过敏，还有饮食对肠胃健康及免疫系统的影响），
6缺乏微量营养元素，药物，发胖，
7体内胎儿红血球的存在
8暴露在uvb紫外线辐射下。
即使大多数免疫疾病的环境因子难以捉摸，但仍有相关环境因素被辨认出来，例如乳糜泻是因摄取麸质而引发，接触溶剂会引起系统性硬皮病，而吸烟则会引发类风湿性关节炎阳性反应。
虽然饮食和自体免疫疾病间的关联尚未明确证明，但是越来越多的自体免疫性疾病和许多非自体免疫疾病都被认为与麸质过敏有关。纵然需要更多证据，不过有些医生和研究人员甚至已经开始相信麸质过敏可能是所有自体免疫疾病的重要因子。
另外，每一种自体免疫疾病都伴随着肠道通透性增加症状（肠漏症），而所有检查结果都显示麸质会引发肠道通透性增加。
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