今天介绍一个单细胞数据库：Single Cell Portal。先来介绍一下这个数据库的基本情况，这个数据库是由Broad研究所建立的，其目的在于为使用者打通单细胞分析障碍，加速单细胞研究，甚至作为口号被挂在了数据库的网页上。

该数据库有大量测序数据支持，Single cell portal收录了481个研究的26826543个单细胞的测序数据。

Single Cell Portal收录了169个研究的4152655个单细胞的测序数据，并提供了两种检索模式，分别为Studies（研究项目）检索和Gene（基因）检索，在检索栏下方可以看到Studies简介及包含的细胞数量。这就是主页界面包含的信息。至此主页介绍完毕。

检 索 功 能

例如按study检索human，会检索到相关的study，然后点击条目可以进入到study的一个基本情况，我们选择一个进入：

我们可以看到study的一个基本情况，是由以色列一个研究团队发表的关于人类和小鼠白色脂肪组织的单细胞图谱的研究数据。

然后给出了这个study的一个基本的摘要情况。

可 视 化 探 索 功 能

找到相应的study，点击explore，进行可视化展示，以为PETN为例子进行检索，我们可以查询到某个基因的表达情况。

如果想要更进一步，我们可以点击Distribution，查询基因在不同亚群或者不同分组下的表达情况。至此，数据查询介绍完毕。

数据下载功能

找到对应的study直接进入dawnload页面，包括了基因表达矩阵，细胞聚类情况数据，maker基因数据，实验设计及隔世信息等。不过有些数据是不开放的，就无法下载。

总体来说，这个数据库算得上是颜值高，数据量大且操作方便的，是挖掘单细胞测序数据的好工具。

另附一些可参考的单细胞测序数据库：

Single Cell Portal：

https://singlecell.broadinstitute.org/single_cell

CellMarker：

http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker/

PanglaoDB：

https://panglaodb.se/index.html

CancerSEA：

http://biocc.hrbmu.edu.cn/CancerSEA/home.jsp

Mouse Cell Atlas：

http://bis.zju.edu.cn/MCA/index.html

SCPortalen：

http://single-cell.clst.riken.jp/

Single Cell Expression Atlas：

https://www.ebi.ac.uk/gxa/sc/home

SignatureDB：

https://lymphochip.nih.gov/signaturedb/

KIT（肾脏单细胞数据库）：

http://humphreyslab.com/SingleCell/

血管细胞数据库：

http://betsholtzlab.org/VascularSingleCells/database.html

脑细胞数据库：

https://web.stanford.edu/group/barres_lab/brain_rnaseq.html

周佳玉 | 文案