之前的序列提取教程请看：https://www.jianshu.com/p/211a262aebc4。
之前的基因家族鉴定教程请看：https://www.jianshu.com/p/c876a5636554，https://www.jianshu.com/p/24e4ad69f3e5。
今天来讲如何构建系统进化树，使用的软件是iqtree，这是一个基于最大似然法估算的建树软件，可以在Windows系统上运行。
1，于此网址“http://www.iqtree.org/”自行下载，并解压。
iqtree下载
2，将已经鉴定好的自己的基因家族蛋白序列（fasta格式），先用MAFFT网站做多序列比对。我的蛋白序列文件命名是“PtbZIP_AtbZIP.fasta”，然后交到MAFFT网站“https://mafft.cbrc.jp/alignment/server/”，拉到下面点“submit”。
MAFFT多序列比对
3，结果出来后，点击“Fasta Format”下载多序列比对好的文件，并命名，我习惯命名加个F，如“PtbZIP_AtbZIP_F.fasta”。
下载多序列比对文件
4，将这个比对好的文件“PtbZIP_AtbZIP_F.fasta”放到刚刚解压后的iqtree中的bin文件夹。
放入bin文件夹
5，打开命令窗口，一般在桌面左下角打“cmd”,
左下角打“cmd”
5.1，或者快捷键“Win+R”，再打“cmd”。
进入命令窗口
6，进入界面以后，因为我软件是放在了F盘我先进入F盘，打“F:”，确定，进入，
进入F盘
6.1，再进入bin文件夹，打“cd F:\软件\iqtree\iqtree-1.6.12-Windows\bin”，自己是什么路径就进入自己的路径。
进入bin文件夹
7，输入命令：
iqtree -s PtbZIP_AtbZIP_F.fasta -alrt 1000 -bb 1000 -nt AUTO
我这个示例，17条序列，自己笔记本跑了5分钟，等它出来这个界面就是完成了。
该界面出来表示跑完了
8，回到bin文件夹，看到多出很多文件，我们只要一个contree的文件，这个文件是用notepad打开后就是一行，这种称为nwk格式。
bin中找到contree文件
9，可以将这个文件用itol网站做一个美化，自己注册登录，“https://itol.embl.de/personal_page.cgi”，里面很多按钮可以自己点着玩，itol的教程自行百度吧，可以做出很漂亮图，唯一的缺点就是不能保存做好的操作，自己弄好了记得输出PDF格式。
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