“ 许多其他沉重捐款仍继续违法征收，有些甚至不合理到这种程度，纳税的总值竟超过货物的价值。 ”
——选自1641年12月议会成员给国王的抗议书
1642年8月22日，查理一世逃到诺丁汉，竖起王旗，建立新政府，以古老的方式征召民兵，内战由此爆发。
国王管辖中部，威尔士，西部乡村和英格兰北部地区。
国会方面则占领了伦敦和东南部地区，还有东英吉利。
双方经济及军力对比：
议会军占据经济发达地区，不论在人力和军火方面全面碾压国王军。
国王军的支持者分布在传统的农业区，那里并不能提供大量的赋税。
虽然议会军的火力和经济占优，但第一阶段议会军连战连败，原因在于投靠国王军的大多数是职业军人；而议会军大多数是由商人和城市民众组成的没有经验的军队，这样的军队在平时喊喊口号还行，真要是上了战场就一盘散沙。另外国王毕竟是英国人心目中天然的统治者，王权的权威还是有很大的威慑力，平民与国王对抗，还是有不少胆怯。
为了扭转战局，国会决定与苏格兰结盟，于是1643年9月与苏格兰签订《庄严同盟与圣约》，英国国会同意以长老宗（喀尔文派）为国教，并提供军费，苏格兰同意出兵支持英国国会，英国国会与苏格兰组建两王国委员会，共同指挥作战。此后胜利的天平向国会倾斜。在内斯比战役中，国会军取得了决定性的胜利，随后查理一世的军队遭到一次又一次的失败，最终查理一世被苏格兰长老会的军队俘获，英格兰议会以40万英镑将查理一世从苏格兰赎回，至此持续了5年的内战暂时告一段落。
1647年11月初，查理一世逃跑，并与曾有冲突的苏格兰教会达成秘密协定，协定确定苏格兰承诺帮助查理一世入侵英格兰，并且恢复他的王位，作为回报，查理一世将会同意长老会建立为期3年的政府。第二年春，英格兰多地国王的支持者发生暴动，并与苏格兰军队结成同盟，至此，第二次内战爆发。8月，克伦威尔在普雷斯顿战役中击溃苏格兰军队，再次俘虏国王，再次将苏格兰并入英国，内战结束。
1648年底，下院通过了国会提出的关于改造国王查理一世政府的议案。议案通过让国王复位，但王权受到了限制。这样的结果引发了军人的反对，新模范军的普莱德上校率军队开进伦敦，占领了议会， 逮捕了41名赞成国王复位的国会议员，并将其他的赞成者和长老会议员赶出了议会，还有很多议员是自己离开。
经过“普莱德清洗”，议会中只剩下60名左右的独立派议员（新教议员，赞成废除国王）。因议会达不到法定人数，这个时期的召开的议会被称为“残缺议会”。议会主持的首要议题是如何处置查理一世。最终于1649年1月27日，最高法庭判决“查理•斯图亚特作为暴君、叛徒、杀人犯及国家的敌人，应该被斩首”。
1649年1月27日，查理一世被押上断头台斩首。
同年5月19日，议会通过取消上院和废除君主制的决议，正式宣布英国为“没有国王和上院”的共和国和自由邦(英格兰联邦)。
1653年4月20日，克伦威尔解散了残余的长期议会，另组小议会(贝尔邦议会)。
1653年12月16日，克伦威尔任护国公，共和制被推翻，建立了以克伦威尔为领袖的护国公护国政体。从此英国进入一段克伦威尔的军事独裁的统治期。
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