葛洪所着《抱朴子》一书中，依质地将灵芝分类为「石芝、木芝、肉芝、菌芝、草芝」。梁代陶弘景再将菌芝依其外部形态分为「青芝、赤芝、黄芝、白芝、黑芝、紫芝」等六芝。
1979年Alexopolus所建立的真菌分类系统中，灵芝应是属于真菌界(Myceteae)、无鞭毛菌门（Amastigomycota）、担子菌纲(Basidiomycetes)、无蕈褶目（Aphyllophorales）、多孔菌科(Polyporaceae)中的灵芝属（Ganoderma）。
灵芝属
1881年芬兰植物学者Karsten根据菇体具有发亮的表皮建立的，并以灵芝G.lucidum (W.Cust.:Fr.)
Karst.为此属的代表种。而后灵芝属的定义经Donk、Murrill、Furtado、Steyaert等学者的研究，认为灵芝属的主要特征为其具有双层细壁的担孢子。灵芝属的担孢子皆呈卵圆形，外层细胞壁较薄且透明，内层细胞壁较厚呈黄褐色并有疣状凸起。由此可知是否为灵芝属的必要条件在于「卵形」、「双层细胞壁」、「黄褐色」的担孢子，而并非以菇体（子实体）的外观形态或颜色等可以加以辨别的。
中国灵芝分类专家赵继鼎先生之考证及分类
赤芝：「赤芝又名丹芝，生霍山。气味苦平无毒，主治胸中结、益心气．．．」。一般所说的灵芝〔G.lucidum (W.curt.:Fr.) Karst.]为此类的代表种，主要特征是菌伞肾形，半圆形或近圆形，表面红褐色，有漆样光泽，有菌柄与菌伞同色或较深。
紫芝：「紫芝又名木芝。甘温无毒，主治耳聋，利关节、益精气、坚筋骨，好颜色、疗虚劳、治痔」。紫芝的特征是菌伞褐色，紫黑色至近黑色，菌肉为均匀褐色至粟褐色，其担孢子较一般赤芝为大，中国紫芝〔G.sinense
Zhao,Xu et Zhang] 为此类的代表种。
黄芝：「黄芝又名金芝。甘平无毒，主治心腹五邪，益脾气，安神」。根据葛洪在《抱朴子》中所描述：「肉芝分为赤、白、黑、青、黄五种，黄者如紫金，大者十余斤，小者三四斤」。认为黄芝可能之一是硫黄菌〔Laetiporus Sulphureus (Bull.:Fr.)Murr.] ,这种真菌新鲜时菌伞肉质多汁，新鲜标本常可达数斤重。
白芝：「白芝又名玉芝。辛平无毒，主治咳逆上气，益肺气，通利口鼻，强志意，安魄」。抱朴子中描述白芝如"截肪"，因此苦白蹄〔Fomitopsis officinalis (Vill.:Fr.)Bond.et Sing]可能为此类。这种真菌菌肉质白，如马蹄状，大者可数斤，生于松树和其他针叶树上。
黑芝：「黑芝又名玄芝。咸平无毒，主治癃、利水道，益肾气、通九窍，聪察」。依采芝图记载，黑芝生山谷之阴，黑盖赤理，黑茎、味咸苦。根据以上记载黑芝可能是假芝〔Amauroderma
rugosum(Bl.et Nees)Tarrend]和黑柄多孔菌（Polyporus melanopus
Fr.)这类具有黑色菌伞和菌柄的真菌。
青芝：「青芝又名龙芝。酸平无毒，主治明目、补肝气、安精魂」。《抱朴子》云：「青者如翠羽」，认为灵芝[Coriolus versicolar (L.:Fr.)Quel.]可能是青芝的代表，此种真菌亦具革质菌盖，表面有短绒毛，因此富多样色彩变化。
另外，由古籍中六芝记载的分布来分析，赤芝、紫芝、黑芝产于衡山、高夏山、常山，属于长江流域。而黄芝、白芝、青芝生于嵩山、华山、泰山，属于黄河流域，真菌生态习性与分布区域有密切的关系。
菌盖皮壳是由特化的栅状菌丝所组成，灵芝子实体的颜色与漆样光泽皆与此层构造有关。另外菌肉层的颜色与显微构造，菌管层的长短、颜色，菌管口的大小、形状、密度等，皆是种间分类的参考指标，因此目前全世界灵芝属经监定发表有标本纪录可考者约有150～200种。再者六芝指皆非单一种类，而是六类群体。以赤芝而言，常见的红色灵芝有G.lucidum、G.tsugae两种。紫芝则为G.neojaponicum和G.sinense。目前有关栽培、药理、临床等的研究亦仅以此两大类灵芝为主，换言之，除赤芝、紫芝以外，其他黄、白、青、黑各色灵芝的分类地位与药理研究报告目前皆尚未被正式发表。
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