南京钟山书院位于江苏省江宁府（今南京，俗称金陵），以南京东郊钟山而得名。清代雍正二年（1724），由两江总督查弼纳创建，1864年太平天国战后,由两江总督曾国藩重建，1903年，改为江南高等学堂，1912年在学堂旧址设立江苏省立第四师范学校，1927年改为江苏省立南京中学。晚清人士冯煦称之“魁然为海内四书院之冠”，柳诒徵赞称“省会书院首推江宁之钟山"，雍正二年（1724）闰四月，雍正帝恩赐书院额名并御书匾额“敦崇实学”四字。
孙锵鸣曾二次出任南京钟山书院山长（校长），第一次是光绪四年（1878）正月至五年（1879）三月，第二次是光绪十二年（1886）八月至十五年（1889）年底。据孟义昭《清代江宁钟山书院研究》介绍，钟山书院山长选拔极为严格，山长要具备“文望、品望，年高而精明强固，足以诲人者为之”，“乾隆帝以后，钟山书院山长聘任等重要事项，两江总督都会向皇帝奏明，或请旨办理”。孙锵鸣二度长钟山书院,实属不易。
初长钟山 选刻课艺
光绪三年（1877）二月，“调孙衣言为江宁布政使”，孙锵鸣“复相随至金陵”。光绪四年（1878）正月，担任了14年之久的钟山书院原山长（校长）李联琇去世，钟山书院山长缺位，“戊寅正月，膺钟山讲席之聘”，十一月，李鸿章“为其师任钟山书院山长”，孙锵鸣正月就职钟山讲席，过了10个月任山长。孙锵鸣“既入院，诸生以故事选刻课艺请”，“余以所选，其途径不必尽与大理同，而理必清真，调必温雅，要斯足以发明圣贤之蕴，而无悖于先正之轨范，州旨归无弗一也。必更有进于此者，而我国家创设书院之意，尤在培养贤俊，使之励名义，通古今，务求为有体有用之学，以备他日栋梁柱石之选” ，历经一年时间，光绪五年（1879）正月《钟山书院课艺》付梓刊刻。
光绪五年（1879）三月，“因其兄孙衣言和两江总督沈葆桢间多有龃龉，居中难以为人，故先归”（胡珠生语），其实，孙锵鸣就职钟山书院时，心情颇为复杂“自惟衰惰，又以吾兄官于此土，在嫌疑之际，辞之弗获”，不是如履薄冰也是处处小心，在职仅一年多，就离开金陵回到老家瑞安。
又领钟山 直垄断耳
光绪十二年（1886），孙锵鸣正在上海主讲龙门书院，八月，“钟山（书院）院长虚席，荃相电至沅帅（两江总督曾国荃），属聘家大人”（孙诒绩日记），孙锵鸣“允从、约明春到馆”。光绪十三年（1887），四月廿八日，孙锵鸣偕女婿宋恕坐钧和船赴南京，三十日抵钟山书院。这次就职钟山书院与光绪四年就职时心情迥然不同，不但心情愉快而且霸气十足，一首《戏为杂诗寄逊学翁》诙谐轻松“今又领江宁之钟山，直垄断耳，思之一笑”，“远道临歧属付多，故将豪语压骊歌”；派头不小“钟山旧学闻余至，多欲住院。乃有候补丞停借肄业为名先期移入者。岂以书院中有仕宦捷径乎?殊不可解。此去拟书《客座四约》揭于厅事，“禁请托”其一也。”。闰四月十九日，“下午三点钟往谒荃相，坐谈逾时。细溯家常，纵谈时务。相度雍容，令人心折”，与地方长官相处也和谐、融洽。游览《烟雨楼》，访友张士珩。而相随至钟山书院的女婿宋恕在南京期间，几乎全部游览了南京名胜古迹，孝陵、雨花台、元武湖、秦淮、灵谷寺、莫愁湖，及鸡鸣寺、曾文正祠、谢公墩。八月十六日，孙锵鸣离钟山书院返上海，在院近四个半月。
光绪十四年（1888）春，于钟山书院作《春日金陵胡氏愚园会饮诗》，光绪十五年后，孙锵鸣遂不出里，基本不到书院现场教学，而是远程出题批改课卷。五月初一，“昨钟山卷箱由航船寄去”，廿六日，“钟山四月课才来，春夏修缮钧送（张）又堂处收”。十月廿七，“（张）又堂金陵信来，言秋季（钟山书院）修缮已送”。
孙锵鸣在钟山书院期间，把上海龙门书院“倡西学、购西书、学西语”教学经验运用教学上，“因质施术，不强一途”，类似于孔子的“因材施教"。尤其重要的是，他在教学内容上不仅强调经世致用之学，还增加了西学成分。孙铿鸣“仰承黄、万，旁及颜、李，不袭理学之陈言，不蹈训诂之剿说。至其为教，并及西书。而种痘、继足之积习，喻闾阎，风俗为之小变。仍是永嘉之学派，小用则小效也"（缪荃孙语），开创了钟山书院变革时代，在孙锵鸣影响下，继任山长缪荃孙亲赴日本考察学务，仿照日本学制“酌定课程，编辑课本，一切草创，中西之学兼重。”成功转型为“江南高等学堂”，张之洞对缪荃孙评价甚高。光绪二十八（1902），张之洞在《保荐经济特科人才折》中评价他说：“学问博雅，识趣端凝，讲求时务，其人品坚定，不染时俗躁竞之习，尤为可贵”。孙锵鸣逝世后，缪荃孙在《清故侍郎衔翰林院侍读学士孙先生墓碑》赞称”先生寻往哲之坠绪质当代之通儒，以史学为己任而充之于事功，卓乎不及已”，“永嘉学术，百世所师”。
兼长惜阴书院 兄长相助
光绪四年（1878），孙锵鸣除主钟山书院外，兼长金陵惜阴书院。孙锵鸣在《惜阴书院课艺序》一文介绍，“金陵之有惜阴书院，道光中陶文毅公督两江时仿浙之诂经精舍、粤之学海堂而为之也”。“金陵自粤寇荡平，前制军曾文正公孜孜于振起人文，首复钟山、尊经两书院。逾年，今相国合肥李公至，又复惜阴书院，月一课焉，而以两院长分主之”。“前院长李小湖大理，邃于经，蔚于文，主此席者十有三年，陶冶所成”。金陵惜阴书院创办于道光年间，太平天国之后复建，复建后，由钟山、尊经两书院山长兼任，惜阴书院前任山长由钟山书院李联琇（字小湖，曾官大理寺）兼任。按照惯例，所以钟山书院现山长孙锵鸣也兼任惜阴书院山长。因惜阴书院以两院（钟山、尊经）长分主之”，所以在辑编《惜阴书院课艺》时“商之尊经院长薛慰农观察。各择其尤雅者录之”。
同治《上江两县志》卷一二《艺文考》载，孙锵鸣兄孙衣言曾为惜阴书院藏书帮过忙：“同治十年，分巡江宁盐法道孙公衣言上议都府，取湖北、浙江、苏州、江宁四书局新刊经籍，藏于惜阴书院。而达官寓公又各出善本益之，统名曰劝学官书"。
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