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基因名提取

基因名提取

作者: 重拾生活信心 | 来源:发表于2024-03-13 16:16 被阅读0次
    cat gencode.vM34.primary_assembly.annotation.gtf |grep -v ^# | awk '{print $16}' |sed 's/[";]//g' |grep ^[A-Z] |uniq > mouse_gene_symbol.txt
    
    wc -l mouse_gene_symbol.txt
    54605 mouse_gene_symbol.txt
    
    
    cat gencode.v45.primary_assembly.annotation.gtf |grep -v ^# | awk '{print $16}' |sed 's/[";]//g' |grep ^[A-Z] |uniq > human_gene_symbol.txt
    
    wc -l human_gene_symbol.txt
    
    62865 human_gene_symbol.txt
    
    

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