cat gencode.vM34.primary_assembly.annotation.gtf |grep -v ^# | awk '{print $16}' |sed 's/[";]//g' |grep ^[A-Z] |uniq > mouse_gene_symbol.txt
wc -l mouse_gene_symbol.txt
54605 mouse_gene_symbol.txt
cat gencode.v45.primary_assembly.annotation.gtf |grep -v ^# | awk '{print $16}' |sed 's/[";]//g' |grep ^[A-Z] |uniq > human_gene_symbol.txt
wc -l human_gene_symbol.txt
62865 human_gene_symbol.txt
一：提取指定模块的基因名 提取基因信息，进行下游分析包括GO/KEGG等功能数据库的注释。 二：模块的导出 主要模...
从基因注释文件提取基因信息Zea_mays.B73_RefGen_v4.42.gtf gtf格式的注释文件 提取...
#BiocManager::install("Biostrings",force = TRUE) library(...
提取指定区域基因组序列 单个序列，samtools faidx 提取：samtools faidx referen...
1、提取文件名 2、提取不带后缀的文件名 3、提取目录
提取基因对应的蛋白质官方名 最开始，是需要将基因跟其编码的蛋白质对应起来，找遍了各种数据库都没发现有相关的注释文件...
提取某一基因的表达值到metadata中
提取peakAnnolist中的基因，结合clusterProfiler包对peaks内的邻近基因进行GO和KEG...
基因功能注释需要蛋白文件，有时候注释或下载的基因组没有蛋白文件，需提取并转换，据师兄师弟说gffread提取结...
为了方便提取基因结构，写了一个简单的Python脚本，支持提取： exon intron UTR CDS star...
本文标题：基因名提取
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/dchizdtx.html
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