学科思想是由学科专家提出的，对而后学科发展和学科学习具有影响力的那些观点、思想、见解。引导学生通过学科知识的学习，建立学科具体的思想，是深度教学的价值追求。
学科思想特征有：隐蔽性与无形性；继承性与生长性；渗透性与迁移性；
学科思想能够为教学提供指引，促进教师的教与学生学的优化。1.促进学生的层进式学习。2.促进学生沉浸式学习。3.促进学生整合式学习。
根据学科思想在教学过程中关联的主体，可以分为学科专家共同体的学科思想、教师的学科思想、学生的学科思想三类，分别代表着知识本位、教师本位、学生本位三种不同的教学价值取向。教学中，教师要重视集体备课和个人备课，不断挖掘教材知识背后潜藏的价值，以催生学科思想为依托来将教材知识转化为学生的学习材料。
知识与能力的关系问题是课程教学的基本问题，深度教学是以培养学生学科关键能力为导向的。学科能力分为学科一般能力和学科特殊能力两大部分。学科一般能力包括认知与理解能力、想象与思维能力、问题解决与创造能力等学科特殊能力，是指学生在不同学科学习过程中表现出来的具体能力。
新课标注重由“双基”走向“四基”，即基础知识、基本技能、基本态度、基本经验。课程实施中需要制定清晰的学科能力标准，才能克服单一的知识教学局限性，促进学习方式变革。
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