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《学习小组Day4笔记--加菲猫》

《学习小组Day4笔记--加菲猫》

作者: 加菲猫oudi | 来源:发表于2020-04-06 00:35 被阅读0次

    R 语言

    其实在本次课程之前自己也开始使用R语言进行一些数据分析,但自己没有一个系统去学习练习的机会,所以在数据分析中,尝试套用他人的代码后,自己的分析过程总是出错,尝试解决也不知道该怎么提出问题去网上找答案,其实这次参加这个课程,我的目的也是希望可以能得到一些解决问题的能力。——\color{blue}{一段生信小白的独白}

    R\RStudio 的安装

    我刚开始接触R的时候,有幸得到师兄的点拨,告诉我安装R时候要保证安装路径都是英文,否则以后有可能因为这个问题报错,所以自己开始接触时,就会注意安装的路径名称问题。当然,我是个纠结的人,不喜欢把R装在C盘,但是初期接触的时候,自己不会管理自己的project,自己的R packages安装的位置也不太对,总之就是一切都很懵逼吧。。。

    关于创建项目

    初期自己不懂得一个项目要对应一个项目的环境,因此,只是在瞎玩一通吧,但是最近开始分析GSE数据,自然又向师兄求教,又得到真传,师兄帮我演示了一边如何利用limma包进行差异分析,开头就告诉我,一个项目要建一个.Rproj 的文件夹,然后才方便后续的分析。我在B站也看过Jimmy老师的 GEO分析视频,链接(GEO数据库挖掘),这样的课程确实不错,我也理解了Jimmy老师在视频开头说的新建项目那一块是啥意思,起码自己以后分析了一个数据集后,分析的代码和图片、下载的数据集都会保存在一个文件夹中,再次重启时,双击xx.Rproj后,可以再次打开之前分析的代码,可以再次运行,这个习惯很重要。

    GSE项目文件
    当然,我现在也还是很菜,遇到报错,很多都解决不了,但是继续努力去学习,找各种解决方法,应该会有所收获。

    一些简单的运算以及绘制图形

    R是用于统计分析绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件,它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具[1]
    既然是统计软件,那么数学运算自然是可以得了。加减乘除、幂运算、对数运算都可以。除了统计运算,绘图也是非常优秀的,可以放一张我做的聚类图,丑,勿喷。。。

    只是有个样的热图,花花不要打我。。。。
    当然绘图的话,ggplot广泛使用,有专门的书介绍如何使用,人家都发明出了这个包,我却连说明书都看不懂。。。

    原谅我,没有放很多学习的截图,因为我这次只是想说一下新手接触生信的新路历程,没有一个好的师傅,其实很难,你不知道如何建立一个好的习惯,如何正确的分析数据,如何解决报错,网上教学资料千千万万,没有一篇是适合自己的,真正适合自己的是,参考别人的代码,自己运行后报错,经过自己的调试得到结果,则会才是最适合的,我昨天还和师兄说我报了一个线上学习班,是生信技能树旗下的,师兄也是自学加参加培训来学习生信的,他说跟对了队伍,这很重要,希望以后的课程中可以学到更多正确的方法.


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